Ergenekon'da en önemli iddialardan biri, illegal yapılanmanın, Bülent Ecevit'i tedavi adı altında "bertaraf etme" planıydı. Mahkeme, olayı aydınlatmak için geçen süre içinde Başkent Üniversitesi'nde sağlık raporlarını istedi. Hastane "Başbakanlık'a gönderdik" dedi. Ancak Başbakanlık kendilerinde olmadığını belirtti. Bunun üzerine Rahşan Ecevit, sağlık raporunu mahkemeye ulaştırdı. Mahkeme de incelenmesi için Adli Tıp'a yolladı. Adli Tıp Kurumu, Ecevit'e yapılan tedavinin doğru olup olmadığını tespit etmek için iş yükü fazla olan 3. İhtisas Kurulu'nu değil 1. İhtisas Kurulu'nu tercih etti. İşte bu tercih sanık avukatlarını panikletti. Avukatlar "Yetkili ve uzman olanlar 3. İhtisas Kurulu"dur diyerek dava açtı. Sanık avukatlarının ısrar ettiği 3. İhtisas Kurulu şu ana kadar pek çok tartışmalı karara imza attı. Kurul, geçmişte Ergenekon sanığı İbrahim Şahin ile banka hortumlamaktan dolayı cezaevine gönderilen işadamı Cavit Çağlar'ı kurtarmıştı. Ecevit'in 11 sayfalık raporunda 6 hekimin imzası bulunuyor. Raporda ilginç ayrıntılar var. Ecevit'e hastanede kaldığı dönemde bir günde 23 hap içirilmesi dikkat çekiyor. Raporları kimin inceleyeceğine idare mahkemesi karar verecek.