Özdemir ile görüşen Şenel, ÇEV ile ilgili olarak sürdürülen operasyon ve soruşturmanın sona erdirilmesini istemiş. Özdemir ise ÇEV'in misyonerlerle işbirliği yaptığını ve bunun MİT raporuyla da belgelendiğini söyleyerek Orgeneral Şenel'in isteğini geri çevirmiş Ergenekon soruşturması kapsamında hazırlanan 3. iddianamede yer alan bilgiye göre, Şenel'in evinde ele geçirilen 'Ana klasör' isimli klasör içinde yer alan 'Devlet.doc' isimli msword dosyası incelemesinde, 'Devlet Çağdaş Eğitim Vakfı ve Çağdaş Yaşamı Destekleme Derneği'nden desteğini neden kesti?' başlıklı 3 sayfalık bir not bulundu. Notta "İstanbul Emniyeti tarafından ÇEV'in genel merkezinde yapılan aramada MİT İstihbarat başkanı adına İçişleri Bakanlığı'na gönderilen 24 Nisan 2001 tarihli ve 14695 sayı numaralı belgenin ele geçirildiğine yer verilmiş. ÇEV'in nasıl ele geçirdiği araştırılan MİT yazısında, vakıf yöneticileri ile ilgili şu bilgilere yer verilmiştir." denilerek MİT raporu maddelenmiş. Notta ayrıca konuyla ilgili 8 Haziran 2002'de İstanbul'un Beşiktaş'ta bir otelde Erdal Şenel, eski İstanbul Emniyet Müdürü Hasan Özdemir ve Orgeneral Ç.D. arasında yapılan toplantıdan bahsediliyor. Şenel'in, Özdemir'den, ÇEV ile ilgili olarak sürdürülen operasyon ve soruşturmanın sona erdirilmesini istediği görüşmede Doğan, ÇEV operasyonlarının sürdürülmesi durumunda çok zor durumda kalabileceğini belirtiyor. Özdemir ise yapacak bir şeyinin olmadığını, konunun savcılık tarafından incelendiğini söyleyerek, MİT'in vakfın misyonerlerle işbirliği içerisinde olduğunu anlayarak olumsuz bir rapor hazırladığını söylüyor.