Konunun uzmanları, GATA'nın şaibeden kurtulması için Milli Savunma Bakanlığı'na bağlanmasını öneriyor. GATA'dan emekli Prof. Dr. Nevzat Tarhan, kurumun özerk bir yapıya kavuşması gerektiğini söylüyor. Tarhan, 12 Eylül ihtilalinden önce GATA'nın Milli Savunma Bakanlığı'na (MSB) bağlı olmasını ve çalışanların bilimsel tıbba göre hareket etmesini buna örnek gösteriyor. GATA'nın şu anda emir komuta zinciriyle çalıştığını hatırlatan Tarhan'a göre, mevcut durumda çalışanların bağımsız tıp kriterlerine göre hareket edemediğini ifade ediyor. GATA'nın son dönemde kamuoyundaki imajının generallerin hastanesi ve Ergenekon sanıklarının 'mutlu sığınağı' şeklinde olduğunu belirten Prof. Dr. Tarhan, "GATA, erlerin kapısından bile giremediği yer olarak görülüyor. Kötü bir imajı var maalesef. Generallerin özel hastanesi oldu." diyor. Askerlerin GATA'nın verdiği raporlarla ilgili açıklamalarını kabul etmeyen Tarhan, "Bağımsız bir hastane bu raporları denetlemeli. Bir suçu araştırmak yerine örtbas etme mantığı son derece yanlış. Bu, suçluluk psikolojisinin gereğidir." ifadesini kullanıyor. Tarhan, emekli Orgeneral Şener Eruygur'un eşinin komutanlarla gerçekleştirdiği ses kayıtlarını onaylamasına rağmen, Genelkurmay'ın 'önyargılı ve mesnetsiz' diye açıklama yapmasının TSK'yı yıprattığını kaydediyor. Ergenekon sanığı Eruygur'un eşi Mukaddes Eruygur ile GATA Beyin Cerrahisi Servis Şefi Kd. Albay Nusret Demircan arasında geçen konuşma, tutuklulara verilen raporları tartışmalı hale getirmişti.