Boğaziçi Üniversitesi'nin mahkeme kararıyla son anda durdurulan, ancak İstanbul Bilgi Üniversitesi'nde yapılan Ermeni konferansının ertelenmesini eleştiren yazıları sebebiyle söz konusu beş gazeteci hakkında dava açılmıştı. Bağcılar Cumhuriyet Savcısı Ali Çakır'ın hazırladığı iddianamede, yazarların ‘adli yargılamayı etkilemeye teşebbüs’ ve ‘devletin yargı organlarını aşağılama’ suçlarını işlediği iddia edilmişti.6 ay ile 10 yıl arasında değişen çeşitli hapis cezalarına çarptırılmaları istenen gazetecilerin yargılamalarına 7 şubat 2006'da başlanmıştı.Olaylı başlayan davayı çok sayıda yerli ve yabancı basın mensubunun yanı sıra Türkiye-AB Karma Parlamento Komisyonu Eşbaşkanı Joost Lagendijk da izlemişti.Boğaziçi Üniversitesi’nde 23-25 eylül tarihleri arasında yapılması planlanan, ancak mahkemece durdurulan ‘Osmanlı Ermenileri’ konulu konferans, tüm tartışmalara rağmen 24-25 eylül tarihleri arasında Bilgi Üniversitesi'nde gerçekleştirilmişti.Konferans tartışmalara neden olmuştu 'İmparatorluğun Çöküş Döneminde Osmanlı Ermenileri' başlıklı konferansın 24 mayısta Boğaziçi Üniversitesi'nde yapılması planlanmış, daha sonra hükümet ve muhalefet cephesinden gelen sert tepkiler nedeniyle toplantı ertelenmişti.Konferansta resmi tez dışındaki görüşlerin savunulacak olması nedeniyle Adalet Bakanı Çiçek, toplantıyı çok sert bir biçimde eleştirmiş ve “keşke Adalet Bakanı olarak dava açma yetkimi devretmeseydim'' demişti.Toplantıyı 'talihsizlik' olarak niteleyen YÖK de, konferansın nitelikleri açısından bilimsel bir toplantı olamayacağı kanısına varmıştı.Avrupa Birliği Komisyonu da akademik çevrelerin bu konuya tartışması gerektiğini belirtmişti.Avrupa basınında çıkan bir yorumda da, "bu akademik tartışmanın aptalca sınırlandırılması, Türkiye'nin Avrupa Birliği üyeliği için bir felakettir" denilmişti. Başbakan Erdoğan ise, toplantının ertelenmesini doğru bulmadığı belirterek, ''bırakalım herkesin ne söyleyeceğini, ne söylediğini görelim'' demişti. Tüm bu tartışmalara rağmen yeniden Boğaziçi Üniversitesi’nde 23 - 25 eylül tarihleri arasında yapılması planlanan, ancak mahkemece durdurulan ‘Osmanlı Ermenileri’ konulu konferans, Bilgi Üniversitesi'nde gerçekleştirilmişti. 24-25 eylül tarihleri arasında gerçekleştirilen konferans sonrası üniversiteler, toplantıdan çıkan en önemli sonucun 'akademik özgürlük' olduğunu savunmuştu.