Genelkurmay'ı, Milli Savunma Bakanlığı'na (MSB) bağlamak istediklerini söyleyen Bozdağ, "Genelkurmay, ne başbakana ne de 'başkomutanı' olan cumhurbaşkanına bağlı değil. Sadece başbakana karşı sorumlu. Bağlılığın olmadığı yerde sorumluluk ne kadar olur?" ifadelerini kullandı. Bu durumun da demokrasi açısından bir 'ayıp' olduğunu belirtti. Bu ayıbın uzlaşma zemininde düzeltilmesi gerektiğini kaydederek, bu konunun yeni anayasa görüşmelerinde gündeme geleceğini aktardı. Bozdağ, uzlaşma sağlanması durumunda gerekli adımların atılacağını bildirdi. Gazeteci Ömer Şahin'in Kanal A'daki "Görüş Farkı" programına katılan Başbakan Yardımcısı, askeri yargının varlığını da tartışmaya açtı. Askeri yargı-sivil yargı ayrımının demokratik olmadığını vurguladı. "Devlet bir tane ise yargı da bir tanedir. İki tane yargı olmaz. Yargının tekliği, devletin de tekliğini gösterir." görüşünü dile getirerek, Meclis'te uzlaşma sağlanması durumunda askeri yargının kaldırılması ve yargı birliğinin sağlanmasından yana olduklarını söyledi. Bekir Bozdağ, 4 generalin emekliliğini istemesine de temas etti. Bu tavrın millet tarafından hoş karşılanmadığının altını çizdi. Geçmiş yıllarda "genç subaylar rahatsız" manşetleri atıldığına dikkat çekerken, bugün itibarıyla Silahlı Kuvvetler'de bir sorun olmadığına işaret etti. Bozdağ, 30 Ağustos Zafer Bayramı törenlerinde başbakan ve TBMM başkanının Genelkurmay başkanını ayakta karşılaması uygulamasının da kalktığını açıkladı. Bu konuda daha önceden yapılan bir düzenleme olduğunu aktararak, ilk uygulamanın önümüzdeki 30 Ağustos'ta uygulayacağını kaydetti. Bozdağ, tutuklu subayların TSK'nın terörle mücadelesinde bir zafiyete yol açacağına yönelik eleştirileri de doğru bulmadı. Başka ülkelerle karşılaştırıldığında TSK'da general ve subay fazlalığı olduğunu hatırlatarak, "Terörle mücadele dahil pek çok alanda sevk ve idareyi yapacak olgunlukta general ve subayımız var. Görevlerinin de başındadırlar. Boşluk da yoktur." diye konuştu.