Ergenekon Soruşturması'nı yürüten savcılara göre örgüt, PKK, Hizbullah, DHKP-C ve Hizbu-t Tahrir terör örgütleriyle yakın ilişki içinde. Delil klasörleri Ergenekon'un naylon ve taşeron terör örgütleri ile bağlantılarını gösteren belge ve bilgilerle dolu. Tıpkı son delil klasörlerine konan raporlar gibi. Hollanda ve Belçika Emniyet birimleri tarafından hazırlanan rapor, Ergenekon sanığı Eski Belediye Başkanı Gürbüz Çapan ile DHPK-C terör Örgütü arasındaki bağlantıyı deşifre ediyor. Raporda terör örgütünün İstanbul sorumlusu olduğu ileri sürülen Asuman Özcan ile Çapan arasında gizli bir birliktelik olduğu bilgisine yer veriliyor. Asuman Özcan'ı kamuoyu Başbakan Recep Tayyip Erdoğan'a suikast hazırlığındayken yakalanmasıyla tanıyor. 2006 yılında İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'na ulaşan raporda Çapan'ın örgütü çeşitli tarihlerde finanse ettiğine dair çok sayıda ifade var. İddialara göre, İmam Fidan isimli örgüt mensubu 2002 yılında üstlerine verdiği raporda Çapan'dan övgüyle söz ediyor. Fidan Gürbüz Çapan'ın Diyarbakır'da Dev-Genç faaliyetlerine katıldığını, DHKP-C için Esenyurt'ta da 100 konutluk arsa yeri verdiğini ifade ediyor. 28 Haziran 2003'te Senem kod adlı Gülezar Kesici de Gürbüz Çapan-Dursun Karataş bağlantısını anlatıyor. Militanların anlatımlarında örgütle bağlantılı olduğu ileri sürülen TAYAD için de Çapan'dan para istendiği belirtiliyor. Hatta Çapan ile örgüt mensuplarının Kartal Cezaevi'nin duvarından delik açarak militanlarla buluştuğu ve her türlü yardımı sağladığı aktarılıyor. İddiaya göre Çapan cezaevinde olduğu dönemde telefon, para, ilaç, kitap gibi malzemeler de Ergenekon sanığı üzerinden örgüt militanlarına aktarılıyordu.