Yargıtay, Ergenekon sanığı Mehmet Haberal'ı tahliye etmeyen dokuz hâkime verilen tazminat cezasını onarken, farklı mahkeme hakimleri ve heyetlerinin tutukluluğun devamı kararında gerekçe hep aynıydı. Hâkimlere göre dosya kapsamında Haberal hakkında kuvvetli suç şüphesinin varlığını gösteren bulgular vardı ve tahliye olması halinde delilleri karatma şüphesi bulunuyordu. Ergenekon soruşturması kapsamında hazırlanan üçüncü iddianamenin sanığı olan Prof. Dr. Mehmet Haberal, 19 aydır tutuklu. 17 Nisan 2009'dan bu yana hastanede yatan Haberal, hiç cezaevi yüzü görmedi. Haberal'ın tutuklanmasının ardından avukatlar neredeyse her hafta nöbetçi hâkimliğe tahliye talebinde bulundu. Tahliye talepleri her defasında aynı gerekçelerle reddedilince, bu kez karara itiraz etti. Hastalık yeterli sebep değil Haberal'ın avukatlarının yaptığı tahliye ve itiraz taleplerinin ardından mahkeme tarafından görüşü sorulan Ergenekon savcıları Zekeriya Öz, Fikret Seçen, Mehmet Murat Yönder ile Ercan Şafak, sundukları mütalaada Haberal'ın örgütün gizli üst düzey yapılanmasında yönetici konumunda olduğunu belirtti. Savcıların en büyük dayanağı ise Ergenekon sanığı Hurşit Tolon'un Haberal'a söylediği “Her zaman emrinizdeyim gece 03.30'da bile emretseniz hemen kapınızın önündeyim” ifadesi. Örgütsel bağlantıya dikkat çeken savcılar, Haberal'ın hastalığının tahliye için tek başına yeterli olmadığı görüşünde. Tedaviyi reddetmişti Haberal'ın tahliyesi için öne sürülen sağlık raporunun tek bir hekim tarafından verildiğini belirten soruşturma savcıları, raporun Adlî Tıp Kurumu tarafından verilmediğine dikkat çekiyor. Savcı Zekeriya Öz, Haberal'ın hastalığı konusunda kesin yönlü verilerin bulunmadığını belirtirken, tartışmalı rapora rağmen ne Haberal ne de avukatlarının Adlî Tıp'a sevk yönünde bir talepte bulunmaması dikkat çekiyor. Haberal, 13 Nisan 2009'da gözaltına alındı. Ergenekon soruşturmasını yürüten Cumhuriyet Savcıları tarafından tutuklanma talebiyle mahkemeye sevk edildi. Şüpheli Haberal, Yargıtay'ın onadığı tazminat cezasına mahkûm olan İstanbul 14'üncü Ağır Ceza Mahkemesi üye hâkimi Rüstem Eryılmaz tarafından 17 Nisan 2009'da sorgulandı. Eryılmaz, sorgunun ardından Haberal'ın “Terör örgütü kurup, yönetmek suçunu işlediği yönünde kuvvetli suç şüphesinin varlığını gösteren olguların bulunması, suçun niteliği, aleyhine mevcut delil durumu, yüklenen suçun CMK.100/3 ve devamı maddeleri uyarınca” tutuklanmasına karar verdi. Söz konusu mahkeme sorgu tutanaklarında ne Haberal ne de avukatları Haberal'ın rahatsızlığından bahsetmişti. Haberal'ın tutuklandığını öğrenmesinin ardından fenalaştığı bunun üzerine adliyeye sağlık ekibi çağrıldığı ancak Haberal'ın tedaviyi reddettiği Savcı Kadir Altınışık tarafından tutanak altına alındı. Tahliye talepleri kabul görmedi Haberal'ın avukatları, İstanbul 11, 12, 13 ve 14. Ağır Ceza Mahkemelerine pek çok kez tahliye başvurusunda bulundu. Ancak heyetlerin ret gerekçesi hep aynı oldu: “Haberal'ın, terör örgütü kurup, yönetmek suçunu işlediği yönünde kuvvetli suç şüphesinin varlığını gösteren olguların bulunması, suçun niteliği, aleyhine mevcut delil durumu, delilleri karartma şüphesinin bulunduğu anlaşıldığından tutukluluk halinin devamına...” TARAF Mahkemede taburcu raporunun mahkemeden gizlendiğini söyleyen Ergenekon savcısı, gizleyenler hakkında da suç duyurusunda bulunulmasını talep etmişti. Savcının bu talebi, sanık avukatını rahatsız etmiş, savcı da hukuk dersi gibi cevap vermişti: