Ergenekon davasına bakan mahkeme, bu haberler üzerine savcılığın gereğinin yapılmasını istemişti. Haberal, sağlık durumunun kötü olmasına karşın kendisini tahliye etmedikleri gerekçesiyle 9 hakimi tazminata mahkum ettirmişti. Bu karardan sonra İstanbul Üniversitesi (İÜ) Kardiyoloji Anabilim Dalı'ndan 5 kişilik heyet tarafından hazırlanan sağlık raporunun mahkemeden gizlendiği ortaya çıkmıştı. Ergenekon soruşturması kapsamında tutuklandıktan sonra cezaevine gittiği gün hastaneye kaldırılan Mehmet Haberal'ın mahkemeden gizlenen sağlık raporu ile ilgili soruşturma başlatıldı. Ergenekon soruşturması savcılarından Fikret Seçen tarafından raporun gizlenmesinde sorumluluğu olan şahıslar hakkında 'Ergenekon terör örgütüne yardım etmek' suçundan soruşturma açıldı. 17 Nisan 2009 tarihinde tutuklanan Haberal, 'ani ölüm riski altında olduğu' gerekçesiyle tahliye kararı vermeyen dokuz hakimi tazminat ödemeye mahkum ettirmişti. Bu karardan sonra yaklaşık bir yıl önce hazırlanan raporda, Haberal'ın taburcu edilebileceğinin belirtildiği ortaya çıkmıştı. 16 Ekim 2009'da verilen raporda İstanbul Üniversitesi Çapa Tıp Fakültesi Kardiyoloji Anabilim Dalı Başkanı Prof. Dr. Zerrin Yiğit, Kurul üyeleri olarak Prof. Dr. Cengiz Çeliker, Prof. Dr. Vedat Sansoy, Prof. Dr. Tevfik Gürmen ve Dr. Cengizhan Türkoğlu'nun imzası bulunuyor. Söz konusu raporda, "Enstitümüzün 3. Servisinde 304 numaralı odada yatmakta olan hasta Mehmet Haberal'ın sağlık durumu değerlendirilmiş ve tıbbi tedavisine ayaktan devam edilerek, bir ay sonra kontrole gelmek üzere taburcu edilmesine karar verilmiştir." denildi. Ergenekon davasına bakan İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi de raporun saklandığına dair haberler üzerine söz konusu raporu istemiş ve Haberal'ın Adli Tıp Kurumu'na sevk edilmesine karar vermişti. Mahkeme ayrıca bu raporla ilgili tüm evrakların İstanbul Cumhuriyet Başsavcı Vekilliği'ne gönderilerek gereğinin yapılmasını kararlaştırmıştı. Haberal'ın halen İÜ Kardiyoloji Enstitüsü'nde tedavisi sürüyor.