Bankacılık Düzenleme ve Denetleme Kurumu, Başkent Üniversitesi üzerinden yapılan kredi usulsüzlüklerini tek tek ortaya çıkardı. Skandal, İstanbul cumhuriyet başsavcılığının talebi üzerine ortaya çıktı. Başsavcılık, Haberal'ın kurucu rektörü olduğu Başkent Üniversitesi ve şirketleri arasındaki para akışını ortaya çıkarmak için BDDK'dan inceleme istedi. Bir yıl süren araştırmalar, Başkent Üniversitesi ve ilgili şirketler arasındaki para trafiğini gözler önüne serdi. Rapora göre Haberal, Avrupa Konseyi Kalkınma Fonu'ndan belli aralıklarla 96 milyon 346 bin dolar kredi kullandı. Çarpıcı rapora göre söz konusu kredi de Haberal Eğitim Vakfı bünyesinde kurulan 12 şirkete aktarıldı. İncelemelere göre Haberal, üniversite adına yurtdışından milyonlarca dolar kredi alırken garantörlüğü de Hazine Müsteşarlığı üstlendi. Ayrıca Fon'dan dolar bazında kredi alınmasına rağmen kurumların, Başkent Üniversitesi'yle TL bazında anlaşmaya imza atmaları dikkat çekti. Raporda dikkat çeken diğer bir tespite göre kullandırılan kredilere ilişkin geri ödemeler üniversite tarafından gerçekleştirilmemiş, bununla da yetinilmeyip anapara ve faiz ödemeleri de ertelenmiş hatta yeniden yapılandırılmış. Üst Kurul'un raporuna göre Başkent Üniversitesi bünyesinde pek çok şirket kurulurken, bu şirketlerin tamamında yönetim kurulu başkanı ya da şirketi temsil eden yönetici görevini Haberal yürütüyor. Daha önce de Haberal'a ait şirketlerde usulsüz para trafiği olduğu gerekçesiyle, savcılığın YÖK'ten Başkent Üniversitesi'ne el koymasını istediği yönünde iddialar gündeme gelmişti.