Tutuklu bulunduğu Silivri Cezaevinden Beşiktaş'taki İstanbul Adliyesine getirilen Avcı'nın, Ankara 12. Ağır Ceza Mahkemesinde yürütülen ''Haliçte Yaşayan Simonlar, Dün Devlet Bugün Cemaat'' adlı kitabında ''terör örgütü propagandası yaptığı'' iddiasıyla açılan dava kapsamında İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesinde ifadesi alındı. Üzerine atılı suçu kabul etmediğini belirten Avcı, ''Suç konusu kitaptaki iddiaya konu 129 ve 139. sayfalar arasındaki 10 sayfalık bölümde 'Cezaevinde Tünel Bulunması' ve 'Eğitim Önemi' başlıklı yazıda terör örgütü mensubu olarak yargılanan tutuklu ve yükümlülerin cezaevinden firar etmek için tünel açarken dahi eğitim yaptıklarını ve hepsinin eğitime katıldıklarını, katılmayanlara cezalar verildiğini, sonuçta terör örgütlerinin cezaevi koşullarında dahi günlük eğitime önem verdiklerini belirttim'' dedi. Kitaptaki yazılarının suç ve propaganda olmadığını, tamamen tespit olduğunu ifade ederek, iddianamede sadece 129, 130, 131. sayfalardaki yazıların veya ibarelerin dava konusu edildiğini, ancak kitabın tümüyle birlikte değerlendirilmesi gerektiğini, 3 sayfadaki bazı cümlelerin hatta bazı kelimelerin değerlendirildiğini savunan Avcı, sözlerini şöyle sürdürdü: ''Bu değerlendirmeye katılmıyorum. Çünkü örnek vermek gerekirse, yazının başlangıcı 'Meslek hayatım boyunca en önemli şeyin bilgi ve bilgi elde etme yolunda eğitim ve okumak olduğu kanaatini edindim. Okumak ama özünde kendi mesleğinizi ve tarihe kalan konularda iyi okumak, bu konular hakkında kapsamlı bilgiye sahip olmak çok önemlidir' şeklindedir. Kitabımın birçok yerinde terörle mücadele eden güvenlik kuvvetlerinin yeterli bilgi ve eğitime sahip olmadıklarını, terörle mücadele için eğitime ve bilimsel çalışmalara önem verilmesi gerektiğini belirttim. Örneğin 34 sayfada 'Gençlik parkındaki garsonlar biyolojik konularda benden bilgiydi' başlığı altında yayımlanan yazımda, polis akademilerini bitirmiş bir komiser olarak siyasi konularda tartışan garsonların ideolojik konulardaki konuşmalarını anlamadığımı ve onlar kadar bilgi sahibi olmadığımı anlatmaya çalıştım. Yine 39. sayfada 'Güneydoğu'da güvenlik kuvvetleri PKK'yı bilmiyor' başlıklı yazımda ise bölgede güvenlik kuvvetleriyle yaptığımız testte, özellikle terörle mücadele bölümündeki görevlilerin PKK listesinde aranan terör örgütü elemanlarından 5 tanesinin dahi adını bilmediklerini anlatmaya çalıştım. Yine kitabın 94. sayfasındaki ''a'' başlıklı yazımda örgütle bir süre kalmış bir köylü çocuğun birtakım günlük gazetelerde 1 Mayıs ile ilgili çıkan haberlerde Marks, Lenin gibi kişilerin resimlerini tanıdığını ama polislerin birçoğunun bunları bilmediğini tespit ederek anlatmaya çalıştım.'' Avcı, kitabının 330. sayfasında ''Terörle mücadelede bilimsel ve akademik araştırmanın önemi'' başlıklı yazısında, Türkiye için önemli olan terörle mücadele konusunda terörün sebeplerini, terörle nasıl mücadele edileceği gibi konularda hiçbir akademik ve bilimsel çalışma olmadığını ifade ettiğini, çünkü toplumsal meselelerin bilimsel çalışmalarla çözülebileceğini anlatmaya çalıştığını söyledi. Kitabının tümüne bakıldığında bir örgüt propagandasının yapılmadığını belirten Avcı, tam tersine güvenlik kuvvetlerinin yetiştirilmesi için önerilerinin bulunduğunu ifade ederek, ''Bir suç unsuru yoktur. Bunlarla ilgili bilirkişi incelemesi talep ediyorum. Adalet Bakanlığına bağlı müfettişlerin suç duyurusu raporu (kitapla ilgili), Adalet Bakanlığına gönderilmiş ve 301. madde yönünden hakkımda işlem yapılması istenmişse de Adalet Bakanlığınca kitapla ilgili bilirkişi incelemesi yaptırılmış ve dava için izin verilmemiştir. Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı da TCK'nın 301. maddesi yönünden takipsizlik kararı vermiştir'' dedi. Hanefi Avcı, daha önce Silivri Cumhuriyet Başsavcılığına verdiği 7 Ocak 2010 tarihli ifadesinin de doğru olduğunu sözlerine ekledi. Avcı, ifadesi tamamlandıktan sonra yeniden cezaevine gönderildi.