Gülen'in yargılamaya konu eylemlerinin eski TCK'daki 'cürüm işlemek için teşekkül oluşturmak ve bu teşekkülü yönetmek' suçunu oluşturduğunu ileri süren Başsavcılık, bu suç için öngörülen zamanaşımının dolduğuna işaret ederek, kamu davasının düşürülmesini istedi. İtirazda, suçun niteliğinin ve tarihinin doğru olarak tespit edilmesi için dosya kapsamındaki delillerin incelenmesi gerektiği belirtildi. Bu kapsamda, Fethullah Gülen'in kitaplarından ve çeşitli konuşmalarından alıntılar yapılan itirazda, Ankara Emniyet Müdürlüğü'nün 21 Nisan 1999 tarihli raporu, Genelkurmay Başkanlığı ve Jandarma Genel Komutanlığı'nın aynı dönemdeki raporları, tanık anlatımları, yurt dışındaki 'Nurculuk' faaliyetleriyle ilgili Emniyet Genel Müdürlüğü'nün yazı ve belgeleri ile genel müdürlüğün 'Fethullah Gülen örgütü' ile ilgili şirketler, okullar, dershaneler ve vakıflar hakkındaki tespitlerine yer verildi. İtirazın sonuç bölümünde, 9. Ceza Dairesi'nin 5 Mart 2008 tarihli onama kararının kaldırılarak, Ankara 11. Ağır Ceza Mahkemesi'nin beraata ilişkin 5 Mayıs 2006 günlü hükmünün bozulması istendi. Bu aykırılığın yeniden duruşma yapılmaksızın 1412 sayılı Ceza Muhakemeleri Usulü Kanunu'na göre düzeltilmesinin mümkün olduğuna işaret edilen itirazda, dava zamanaşımı nedeniyle kamu davasının düşürülmesi istendi. Gülen'in avukatları, Mart 2006'da Ankara 11. Ağır Ceza Mahkemesi'ne başvurarak, müvekkilleri hakkında beraat kararı verilmesini talep etmişti. 3713 sayılı kanunda yapılan değişikliği dikkate alan Ankara 11. Ağır Ceza Mahkemesi, Ankara 2 No'lu DGM'nin 10 Mart 2003 tarihli 'kamu davasının kesin hükme bağlanmasının ertelenmesi' kararını kaldırıp, beraat kararı vermişti. Yargıtay 9. Ceza Dairesi, Gülen hakkındaki iddiaları yeterli görmeyerek, beraat kararını oybirliğiyle onamıştı. Kararda, Gülen'in 'TMK kapsamında cebir ve şiddet kullanarak Anayasa'yı ortadan kaldırmak amacıyla suç işlemek için terör örgütü kurduğu veya yönettiği yolunda delil bulunmadığı' kaydedilmişti. Başsavcılığın itirazını Yargıtay Ceza Genel Kurulu'nun 23 üyesi görüşecek. Davanın 3-5 ay içinde (daha kısa da olabilir) görüşülmesi bekleniyor. Ceza Genel Kurulu, Başsavcılığın itirazını reddedip Yargıtay dairesinin kararını yerinde bulursa karar kesinleşecek. İtiraz kabul edilirse dosya yeniden karar vermesi için Ankara 11. Ağır Ceza Mahkemesi'ne gönderilecek. Yerel mahkeme, beraat kararı verebileceği gibi, zamanaşımından dosyanın düşmesine de karar verebilecek. Hukukçulara göre alışılmış bir durum değil Yargıtay Cumhuriyet Başsavcısı'nın Fethullah Gülen kararına itiraz etmesi hukuk çevrelerinde tepkiye sebep oldu. Hukukçular Birliği Vakfı Başkanı Sinan Kılıçkaya, Yargıtay'ca onanan benzer davaların büyük çoğunluğunda Başsavcılığın itiraz yöntemine başvurmadığını ifade etti. Gülen hakkındaki karara itiraz edilmesinin olağanüstü kanun yolu olduğunu belirten Kılıçkaya, şu görüşleri dile getirdi: "Yargıtay'ca onanan benzer davaların büyük çoğunluğunda itiraz yöntemine başvurulmamıştır. Yerel mahkemenin ve Yargıtay Ceza Dairesi'nin iddia olunan fiillere, sadece iddia makamının ortaya attığı suç yönünden değil tüm ceza hukuku yönünden bakma yükümlülüğü vardır. Ankara 11. Ağır Ceza Mahkemesi ve Yargıtay 9. Ceza Dairesi, Gülen hakkında ortaya atılan olayları incelemiş, iddiaları Terörle Mücadele Kanunu kapsamında değerlendirmiş ve beraat kararı vermiştir. Ceza hukuku yönünden verilen beraat kararı onama kararı ile karar kesinleşmiştir." İtirazın altında AK Parti'nin kapatma davasıyla ilgili senaryolar bulunduğunu ima eden Kılıçkaya, şunları söyledi: "Bu itirazla Başsavcılık olağanüstü kanun yoluna başvurarak Sayın Cumhurbaşkanı aleyhindeki iddiaların mesnetsizliğinin ortaya çıkmasını engellemeye mi çalışmıştır?"