Operasyonun İstanbul ayağını yürüten Terörle Mücadele Şube Müdürlüğü'nden verilen bilgilere göre 21 ilde gerçekleştirilen operasyon kapsamında toplam 165 kişinin gözaltına alındığı, İstanbul'da ise 20 kişinin yakalandığı açıklandı. Operasyonlarda çok bir adet kaleşnikof tüfek ile birlikte çok sayıda silah ele geçirildi. İstanbul'daki operasyon, 2005 yılında Fatih Camii'nde düzenlenen gösterinin ardından daha etkili bir hareket ortaya koymak için Esenler'deki Hakkı Başar Kapalı Spor Salonu'nda gösteri yapılmasını organize eden kişilere yönelik gerçekleştirildi. 26 Temmuz 2009'da yapılması planlanan bu gösteride hilafet çağrıları yapılacağı ve provakatif eylemler ortaya çıkabileceği gerekçesiyle harekete geçen polis, bir süredir takip altında tuttuğu kişilere operasyon düzenledi. İstanbul'da ağırlıklı olarak Bahçelievler'de olmak üzere, Bağcılar, Pendik ve Fatih'te çok sayıda adrese yapılan operasyonlarla gözaltına alınan 20 şüpheli sorgulanmak üzere Terörle Mücadele Şube Müdürlüğü'ne götürüldü. 3 günlük sorgu işleminin ardından şüpheliler bu sabah saatlerinde İstanbul Adliyesi'ne sevk edildi. Operasyonla ilgili bilgi veren Terörle Mücadele Şubesi yetkilileri baskın yapılan adreslerde bir adet kaleşnikof tüfek, 2 adet tabanca, 4 adet tüfek, 5 adet kurusıkı tabanca, 2 adet aydınlatma fişeği, 157 adet mermi, 1 adet kama, 540 adet üzerinde "Tek ümmet hilafet tek devlet" yazılı tişört, 1634 adet hilafet bayrağı, 29 adet hilafet devleti haritası, bol miktarda örgüt içerikli CD, kitap ve döküman ele geçirildi. Adliyeye sevk edilen şüpheliler arasında örgütün İstanbul sorumlusu olduğu ileri sürülen H. Ö.nün de yer aldığı belirtildi. Polis ve MİT'in operasyonunda İstanbul'da yakalanan 3 şüphelinin Ergenekon soruşturmasında tutuklanan bazı kişilerle irtibatlı oldukları iddia edildi. Soruşturmada gözaltına alınarak ifadesi alınan S.T., U.T ve İ.G'nin tutuklanan bazı Ergenekon sanıklarıyla irtibatlarının tespit edildiği ileri sürüldü. Buna göre S.T'nin, şu anda cezaevinde bulunan Ergenekon tutuklusu F.E ile telefonla görüşmeleri bulunduğu tespit edildi. Diğer 2 şüphelinin irtibatları bulunduğu ve bunların araştırıldığı belirtildi. Öte yandan operasyonda gözaltına alınan örgüt üyeleriyle birlikte "Köklü değişim" isimli dergilerin bulunduğu ve bu derginin yayın organları olduğunun tahmin edildiği belirtildi. Polisin, operasyon kapsamında ele geçirilen silahlara ilişkin kapsamlı bir çalışma yaptığı ve önceki operasyonlarda silahı bulunmayan örgütün silahlanmasının eylem hazırlığı olarak değerlendirildiği belirtildi.