Şahin'in, muayenesinin yapılması için 24 Ocak 2011 tarihinde Adli Tıp Kurumu Gözlem İhtisas Kurulu'a sevk edilmesine karar verildi. İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi, Ergenekon davası sanık ve avukatlarının bazı taleplerini değerlendirdi. Adli Tıp Kurumu Başkanlığı'ndan gelen yazıya değinilen ara kararda tutuklu sanıklardan İbrahim Şahin hakkında Kadıköy 3. Sulh Ceza Mahkemesi'nde görülen dava dosyası kapsamında rapor hazırlandığı, bu nedenle de dosyanın iade edildiğinin belirtildiği ifade edildi. Yazıda, Şahin'e ait tedavi evraklarının dava sanıklarından Levent Ersöz'e ait tedavi evraklarının bulunduğu çuval içerisinden çıktığı kaydedildi. Mahkeme heyeti, Şahin'e ait evrakların gönderilerek sanığın Adli Tıp Kurumu Gözlem İhtisas Kurulu'na sevk edilmesine karar verdi. Mahkeme heyeti, Şahin'in hastalığının cezai ehliyetini etkileyip etkilemediği konusunda rapor alınmasını istedi. Sanık Şahin'in avukatları tarafından Adli Tıp görevlileri hakkında suç duyurusunda bulunulması yönündeki talep ise duruşmada işlenen suçlardan olmadığı için reddedildi. Sanık avukatlarının bizzat suç duyurusunda bulunabilecekleri belirtildi. Adli tıp görevlilerinin reddine ilişkin taleplerin ise CMK'nun ilgili maddelerinde sayılan nedenlere dayanmadığı, soyut değerlendirmeler dışında bilirkişi olarak atanan görevlilerin tarafsızlığından şüphe edilecek bir neden bulunmadığı gerekçesiyle reddedildi. Mahkemenin verdiği ara kararın ardından Şahin hakkında Gözlem İhtisas Dairesi'nden 24 Ocak 2010 günü saat 08.00'e randevu alındığı öğrenildi.