Komutanlar işlemin yürütmesinin durdurulması için mahkemenin yolunu tuttu. Ancak, AYİM'in, açığa alma işlemlerine karşı açılan davalarda verdiği içtihat niteliğinde 20 karar, İçişleri ve Savunma Bakanlığı'nın doğru bir işlem yaptığını gösteriyor. AYİM, bu davaların yalnız birinde açığa almayı 'beraatten' dolayı bozarken, 19 kararında TSK Personel Kanunu 65. maddeye göre Milli Savunma Bakanlığı'nı haklı bulunarak göreve iade taleplerini reddetmiş. AYİM'in yerleşmiş içtihatlarına göre, Balyoz darbe planı davası sanığı üç generalin göreve dönmeleri zor, hatta imkânsız. AYİM, daha hafif suçlardan hakkında dava açılan TSK personelinin Milli Savunma Bakanlığı'nca açığa alınmasını, isnat edilen suçların Personel Kanunu'nun 65/a maddesinde sayılan açığa alınmayı gerektiren suçlardan olmasını görevden alma için yeterli buluyor ve bakanlığın lehine karar veriyor. AYİM söz konusu kararlarında, 65. maddeye göre yapılan açığa alınma işlemlerinin idarenin (Milli Savunma Bakanlığı) takdir yetkisine girdiğini kaydediyor. Kendi içtihatlarına göre AYİM, yalnızca bir davada açığa alma işleminin iptaline karar verdi. Jandarma Genel Komutanlığı, üste hakaret ve üste fiilen taarruz suçlarından dolayı hakkında dava açılan askerî personeli görevden aldı. AYİM, iddianamenin suç tarihinden 13 ay geçtikten sonra düzenlenmesi, askerî personelin açığa alındığı sırada başka bir garnizonda görev yapması ve hakkındaki suçtan beraat etmesi nedeniyle açığa alma işleminin objektif kullanılmadığı sonucuna vardı ve işlemin iptaline karar verdi. Karara, AYİM'in 2 subay üyesi muhalefet etti. Asker hukukçular da, AYİM'in açığa alma işlemini iptal etmesinin hukuki açıdan söz konusu bile olamayacağını dile getiriyor. Emekli Hâkim Albay Hasan Tüysüzoğlu, "Her iki bakan da geç de olsa kanuni yetkilerini kullandı. Burada tartışılacak bir durum yok. Mahkemenin daha önce üç generalin terfisiyle ilgili verdiği karar düşündürücüydü. Fakat bu kez aynı şeyin gerçekleşeceğini düşünmüyorum. Hüküm çok açık. Bu, bazı çevrelerin eleştirdiği gibi bir güç gösterisi değil, aksine yasaların uygulanmasıdır." ifadelerini kullanıyor. AYİM: Açığa alma yetkisi idarenindir İşte AYİM'in, MSB'nin, hakkında dava açılan personelin açığa alınmasına karşı açılan davalarda verdiği kararlardan bazıları: Kara Kuvvetleri Komutanlığı Askerî Savcılığı, bir askerî personel hakkında 'zincirleme amire hakaret, emre itaatsizlikte ısrar ve zincirleme resmî belgede sahtecilik' suçlarından cezalandırılması talebiyle askerî mahkemede dava açtı. Milli Savunma Bakanlığı, personeli 17 Haziran 2008 tarihinde açığa aldı. Personel AYİM 3. Dairesi'nde açığa alma işleminin yürütmesinin durdurulması davası açtı. AYİM, 30 Ekim 2008'de açığa almanın idarenin yetkisinde olduğuna hükmetti. Teröristbaşı Öcalan'ın hükümlü bulunduğu İmralı Adası'na çantası ve botları içerisinde üç cep telefonu sokmaya çalışırken yakalanan astsubay hakkında 'emre itaatsizlikte ısrar' suçundan dava açıldı. MSB, astsubayı 28 Nisan 2006 tarihinde açığa aldı. Astsubay, AYİM 3. Dairesi'ne dava açtı. AYİM Dairesi 2006 yılında verdiği kararda, yine personelin açığa alınmasının MSB'nin takdir yetkisi içerisinde olduğunu vurguladı.