Ancak örgüt, 1999'da re-organizasyona ihtiyaç duyuyor. Yapılanması, çalışma yöntemleri gibi hususlar yazılı hale getiriliyor. Sivil unsurların örgüt içerisinde yer alması kararlaştırılıyor. 'Ulusalcı' derneklerle sivil açılımlar sağlanıyor. Ergenekon terör örgütünün varlığı ve yapısıyla ilgili en çarpıcı belgelerden biri Milli İstihbarat Teşkilatı'na ait. Soruşturmayı yürüten savcılık, Ergenekon'un MİT'le bir ilgisi olup olmadığını soruyor. MİT'in 9 Mayıs 2008'de gönderdiği cevabî yazıda, Ergenekon'la ilgili 2002 senesinde elde edilen ilk bilgiler aktarılıyor. Buna göre MİT, 3 Temmuz 2002'de isimsiz bir mektup ve CD alıyor. Bunlarda yer alan 'Ergenekon' ve 'Lobi' isimli projeler ile iddia niteliğindeki bilgileri içeren kitapçık, 10 Temmuz 2003'te Genelkurmay Başkanı'na, 19 Kasım 2003'te Başbakan'a intikal ettiriliyor. Çalışmanın özeti niteliğinde hazırlanan başka bir bilgi notu ise 19 Ocak 2006'da Başbakan'a, 26 Mayıs 2006'da Genelkurmay İstihbarat Başkanı'na sunuluyor. MİT'in hazırladığı raporun sonuç kısmında şu bilgilere yer veriliyor: "Ergenekon adı kullanılarak yürütülen çalışmaların; bu aşamada devleti/rejimi hedef alan bir grubun kendi çıkarları çerçevesinde organize olma çabalarını içerdiği izlenimi edinilmiştir. Bu nedenle, konuyla ilgili mevcut bilgiler; asker orijinli yönlendirici bir kadronun kontrolünde, bazı sivil toplum örgütleri, siyasi parti ve medya kuruluşlarının kullanılması suretiyle, sivil idarenin örtülü biçimde denetime tabi tutulması ve yeni bir yönetim biçimi yaratılması amacına dayalı olduğu değerlendirilmektedir." Ergenekon'un lideri olmakla suçlanan şahıslarda ele geçirilen ve örgütün hedeflerini gösteren belgeler yaklaşık bin 200 sayfadan oluşuyor. Yönetici kadroda bazı emekli askerlerin yanı sıra, gazeteci ve akademisyenler dikkat çekiyor. Örgüt, amaçlarını daha iyi ve hızlı gerçekleştirebilmek, kolay adam temin edebilmek ve eylemleri devlet adına yapıyormuş gibi görünmek için Ergenekon'u 'TSK bünyesinde faaliyet gösteren bir yapılanma' olarak lanse ediyor. İddianamede örgüt şöyle tanımlanıyor: "Ergenekon terör örgütü en başta, 'derin devlet' ifadesi ile anılan, ülkemizde birçok kanlı eylemler gerçekleştiren, gerçekleştirdiği bu eylemlerle ciddi kriz, kargaşa, anarşi, terör ve güvensizlik ortamı oluşmasını amaçlayan ve bunu kısmen de olsa başararak ülkemizin gelişme ve kalkınmasının önünde engel olan bir örgüttür."