Refah-Yol hükümetini düşüren 28 Şubat 1997’deki 9 saatlik tarihî Milli Güvenlik Kurulu (MGK) toplantısının tutanakları hâlâ merak konusu.  Bu toplantıda ‘irtica ile mücadele’ adı altında alınan kararlar 18 madde olarak açıklanmıştı. Daha çok askerlerin konuştuğu ve sivillere çok sert eleştirilerin yöneltildiği belirtilen toplantının tutanakları ise hâlâ kamuoyuna açıklanmış değil. Zaman'da yer alan habere göre Tutanak muamması, 28 Şubat darbesinin mahkemece kabul edilen iddianamesinde de yer aldı. 

İddianamedeki ifadelere göre Başsavcılık, ‘28 Şubat 1997 tarihinde yapılan MGK toplantısına ait tutulan tutanaklar ile ses kayıtlarının gönderilmesini’ talep etti. 9 Ekim 2012 tarihli bu yazıya MGK Genel Sekreterliği Hukuk Müşavirliği hemen ertesi gün cevap verdi. Talebin reddedildiği cevabi yazıda, “MGK ve MGK Genel Sekreterliği Kanunu’nun 10’uncu maddesi ile CMK’nın 47 ve 125’inci maddeleri uyarınca bu aşamada talebinizin yerine getirilmesi mümkün görülmemiştir” ifadeleri kullanıldı. İddianamede, belge ve bilgi toplamada karşılaşılan bazı engellerden de bahsedildi. 28 Şubat Darbesi’nin illegal faaliyetlerinin merkezi Batı Çalışma Grubu (BÇG) emrinde çalışmış, ayrıca amaç ve hedefleri doğrultusunda faaliyet icra eden kişilerin tespitinde zorluklar yaşandığı aktarıldı. Zorluklar, şöyle sıralandı: “Soruşturma konusu yapılan dönemin üzerinden geçen sürenin uzunluğu, kamu arşivlerinde bulunan belgelerin bir kısmının yasa gereği, bir kısmının yasal imha edilmemesi gerekirken kasten veya ihmal suretiyle imha edilmiş olması, bazı kamu kurumlarının personelini koruma anlayışıyla soruşturma konusu edilen dönemle ilgili belgelerin gönderilmesinde beklenen özeni göstermemesi…”

Buna karşın, soruşturmanın ‘delilden şüpheliye ulaşma’ ilkesi doğrultusunda genişletildiği bildirildi. BÇG ile koordineli çalışan tüm gerçek ve tüzel kişiler, sivil toplum örgütleri, medya grupları, gazeteciler, resmi ve özel kurumların mercek altına alındığı vurgulandı. Yeni iddianamenin habercisi olan ifadeler, iddianameye şöyle geçti: “Halen de çok farklı alanlardan BÇG ile irtibatlı olabilecek şahıslarla ilgili araştırmalarımız devam etmektedir (dönemin mali ve ekonomik analizinin yapılabilmesi için MASAK’tan çalışma yapılması istenmiştir). Soruşturma kapsamında BÇG ile fiilî ve hukukî irtibatı tespit edilip, delillerle ortaya konan asker veya sivil şahıslar hakkında iddianame düzenlemeye devam edilecektir. 28 Şubat BÇG ana soruşturması dosyası halen Cumhuriyet Başsavcı Vekilliğimizin 2011/206 sırasında devam etmektedir.”