İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığınca hazırlanan 65 sayfalık iddianamede, İstanbul Emniyet Müdürlüğü Muhabere Elektronik Şube Müdürlüğü hizmetlerinde kullanılan 155 mail ihbar hattına 23 ve 24 Mayıs 2009 tarihlerinde Deniz Kuvvetleri Komutanlığında görevli bir askerin gönderdiği bildirilen iki ayrı ihbar mailine ayrıntılı olarak yer verildi. İddianamenin ''Kafes Eylem Planı''nın eki niteliğindeki ''görev bölümü'' başlıklı belgede ismi ''Danışma Kurulu Başkanı'' şeklinde yer alan Feyyaz Öğütçü'nün, kamuoyu oluşturma safhasında istifade edilecek kanaat önderleri, sanatçı, akademisyen, gazeteci ve yazarlarla diğer ''kilit haberleşmecilerin belirlenmesi ve organize edilmesinde'' görevli olduğu ifadesi yer aldı. Şüphelilerden Levent Bektaş'ın iş yerinde ele geçen 3 nolu DVD'de yer alan örgütsel notta, ''Kafes Eylem Planı tamamlanınca son hali Kasımpaşa'ya onaya gidecek'' ibaresinin yer aldığı belirtilen iddianamede, ''Şüphelinin, eylem planının hazırlandığı Mart 2009 ve öncesindeki tarihlerde İstanbul Kasımpaşa'da bulunan Kuzey Deniz Saha Komutanlığı görevini yürüttüğü anlaşılmıştır'' cümlesine yer verildi. İddianamede, soruşturma kapsamında Çağdaş Yaşamı Destekleme Derneği Kadıköy Şubesinde yapılan aramaya da değinilerek, bu aramada ele geçen bilgisayarda (Türkan SAYLANl.doc) isimli word belgesinde, soruşturma kapsamında işlem yapılan şüpheli Aydın Ortabaşı tarafından Türkan Saylan'a hitaben yazılmış mektubun referanslar kısmında da Feyyaz Öğütçü'nün isminin yer aldığı ifade edildi. ''Ali Aşkın'' ismiyle gönderilen ve Koç Müzesi'ndeki denizaltında görevlilerce bulunan TNT kalıplarının ve fünyelerin, bir işlem yapılmaksızın imha edilmesinin Öğütçü'nün talimatıyla gerçekleştirildiği iddia edilerek, Cumhuriyet Savcılığına Serdar Cem adıyla yazılan iki ayrı ihbar mektubunun ekinde gönderilen CD'lerin incelendiği belirtildi. İddianamede, ''Bu belgelerin incelenmesinde, (DZKK'DA ULUSALCI YAPILANMA) başlıklı belgede, şüphelilerden Ahmet Feyyaz Öğütçü'nün TSK bünyesinde faaliyet gösteren Ergenekon örgütünün Deniz Kuvvetleri Komutanlığındaki yapılanması içerisinde yer aldığı, bu yapılanmanın hakkında soruşturma yürütülen Özden Örnek'in liderliğinde faaliyet yürüttüğü, bu yapılanmaya mensup kişilerin kendi aralarında grup halinde internet üzerinden haberleştikleri yönünde bilgiler bulunduğu'' kaydedildi. İddianamede, ''Kafes Operasyonu Eylem Planı''nın eki niteliğindeki ''görev bölümü'' başlıklı belgede, Kadir Sağdıç'ın ''Başkan Yardımcısı'' şeklinde yer aldığı, şüpheli Mücahit Erakyol'un da aynı belgede isminin ''Özel Operasyon Komutanı'' olarak geçtiği, ayrıca İstanbul Emniyet Müdürlüğüne ulaşan Dursun Çiçek'le ilgili bir ihbar mektubunda, Albay Mücahit Erakyol'dan ''sürekli temas halinde olduğu ve silah arkadaşlığının ötesinde ilişkisi bulunduğu kişi'' olarak bahsedildiği bildirildi. İddianamede, yine soruşturma kapsamında Kocaeli'nde bir adreste yapılan aramada bulunan flash bellekte ''Nisan Bülteni'' başlıklı word belgesinde, ''Doğu Perinçek Başkanımızın Emirleri'' adlı bölümde, Levent Bektaş'ın ekiplerinin yerine yeni ekiplerin kurulması, bu timlerin oluşturulmasını da Mücahit Erakyol'un üstlenmesinin istendiği, ayrıca, ''Aydın Ortabaşı, ÇYDD'den gelen parasal kaynakların miktarları Perinçek'in emirleri doğrultusunda artırılacak. Diğer parasal kaynak konusunda yeni satış kanalları (maddeler) oluşturulacak. Aydın Ortabaşı'nın mezun ettiği kız öğrenciler, yapının sivil tabanına, daha hızlı bir şekilde kazandırılması için organizasyonlar yapılacak'' ifadelerinin yer aldığı dile getirildi. Levent Bektaş'ın iş yerinde ele geçirilen 3 No'lu DVD'de, şüpheliler Deniz Erki ve Tanju Veli Aydın'ın sıfatlarının ''1. Hücre Elemanı'', Şüpheli Emre Sezenler içinse ''2'inci Hücre Lideri'' sıfatının kullanıldığı belirtilen iddianamede, şüpheliler Hüseyin Doğancı ve Hasan Bak için de ''2. Hücre Elemanı'', Şüpheli Metin Samancı için ''Ege Bölge Komutanı'', şüpheli Levent Gülmen için ''1. Hücre Lideri'', şüpheliler Aydın Ayhan Saraçoğlu, Emre Tepeli, Süleyman Erharat, Murat Aslan, İbrahim Öztürk, Bora Coşkun ve Bülent Aydın için ''1. Hücre Elemanı'' olarak geçtiği kaydedildi. İddianamede, 3 No'lu DVD'de şüpheli Halil Özsaraç'ın isminin ''2. Hücre Lideri'', şüpheliler Gürol Yurdunal, Ümit Özbek, Bülent Karaoğlu, Hüseyin Erol, Daylan Muslu, Mehmet İnce, Alpay Belleyici, ''2. Hücre Elemanı'' olarak tanımlandığı, İsmail Zühtü Tümer'in adının ''Karadeniz Bölge Komutanı'', İbrahim Levent Olcaner'in ''1. Hücre Lideri'', Özgür Erken, Metin Fidan, Metin Keskin, Türker Doğanca ve Mesut Adanur'un adlarının da ''1. Hücre Elemanı'' olarak geçtiği bildirildi.