Konuyla ilgili soruşturma dosyasını da görevsizlik kararı vererek sivil savcıya gönderdi. 1987'de 'Bulut Projesi' adıyla başlatılan ve yalan makinesinin de kullanıldığı sorgulamalar 28 Şubat sürecinde gündeme gelmiş, kamuoyunda tepkiyle karşılanmıştı. Hava Kuvvetleri'nde, 'irtica ile mücadele' adı altında 1987-1997 yılları arasında uygulanan 'ihraç sorgulamaları'na ilişkin soruşturmadan dikkat çekici bir sonuç çıktı. Subayların yasa dışı sorgulandığı ve adına 'Bulut Projesi' denilen yöntem, işkence suçu olarak kabul edildi. Bu nedenle, soruşturmayı yürüten Askerî Savcı Hava Hâkim Binbaşı Ali Fuat Kumral, görevsizlik kararı vererek dosyayı 5 Ekim 2011'de Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı'na devretti. Ergenekon, Balyoz ve Karargâh Evleri davalarının da temelini teşkil ettiği belirtilen soruşturmanın şüphelileri ise projenin başında bulunduğu ileri sürülen bazı subaylardan oluşuyor. Balyoz sanığı emekli istihbaratçı Albay Hakan Büyük, 'internet andıcı' davasının tutuklu sanığı emekli Albay Fuat Selvi ve Yunanistan'a harekât planlarını satmakla suçlanan istihbaratçı Yüzbaşı Mehmet Barut, bu isimler arasında yer alıyor. Bulut Projesi, 24 yıl önce Necip Torum-tay'ın Genelkurmay 2. başkanlığı döneminde uygulanmaya başlandı. Birçok subay ve astsubay 28 gün oda hapsinde psikolojik ve fiziksel işkenceye maruz bırakıldı. Ardından da ihraç edildiler. Bazılarının yalan makinesine sokulduğu ileri sürüldü. Hava Kuvvetleri'ne bağlı kışlalarda yapılan işkence sorgulamaları, 28 Şubat sürecinde de gündeme geldi. İlk şikâyet ise 1 Aralık 2010'da adlî yargıya yapıldı. Emekli Hava Yarbay E.O. mağdur sıfatıyla, 1 Aralık 2010'da Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı'na suç duyurusunda bulundu. Başvuruyu inceleyen sivil mahkeme, görevsizlik kararıyla dosyayı askerî yargıya iletti. Dosyayı alan Hava Kuvvetleri Komutanlığı Askeri Savcılığı, 29 Aralık 2010 tarihinde soruşturma başlattı. Askeri Savcı Hakim Binbaşı Ali Fuat Kumral, E.O. haricinde işkenceye maruz kalan 53 subay ve astsubayın ifadesine başvurdu. İrtica ile suçlanan askerler, ifadelerinde, o dönemdeki ismiyle 28 gün oda hapsinde kaldıkları Hava Ulaştırma Grup Komutanlığı'na görevlendirildikleri yönündeki emir ile gittiklerini belirtti. Askerler, camları kontrplakla çivilenerek kapatılmış, bir yatak, bir sandalye ve bir küçük masa ile 24 saat yanan tavan lambası bulunan yerde 28 gün oda hapsine maruz kaldıklarını söyledi. Askerler, üniformalarının çıkartılarak üstlerinin de arandığı ve dönemin Hava Kuvvetleri Komutanı Orgeneral Siyami Taştan imzalı ve 'irticai faaliyetlere karıştıkları' için oda hapsine mahkûm edildiklerini belirten bir yazı ile karşılaştıklarını aktardı. Emekli Yarbay E.O. ifadesinde, karanlık bir odaya götürüldüğünü ve 4-5 projektörün gözüne tutulduğunu kaydetti. Projektörlerin arkasındaki kişilerin, eşinin neden başörtülü olduğu ve niçin içki içmediği yönünde sorular sorduğunu ifade etti. 7 günlük sorgudan sonra Poligraphy (yalan makinesi) testine de tabi tutulduğunu belirten E.O., "'Sana bir soru soracağız, doğruyu söyleyeceksin.' deyip tahtaya bir sayı yazdılar. Ben de okudum. Bana makineden çıkan bir sonucu gösterip, 'Bak, doğru söylediğin bu grafiklerden anlaşılıyor. Hep doğruyu söyle, yoksa anlarız.' dediler." şeklinde konuştu. Askeri Savcı Ali Fuat Kumral, maruz kalınan eylemlerin TCK'da düzenlenen işkence ve kötü muameleyi yasaklayan hükümler çerçevesinde ele alınıp değerlendirilmesi gerektiğine karar verdi. Şüphelilerin birçoğunun emekli olduğunu belirten Kumral, 353 sayılı kanunun 17. maddesi uyarınca askeri mahkemelerin görevinin sona erdiğini belirtti. Müşteki E.O.'nun ve diğer tanıkların beyanlarına konu olan eylemlerin soruşturulmasının adli yargının görevine girdiğini ifade etti. Cumhuriyet savcılığının bu hususta görevli olduğunu vurgulayan Kumral, dosyayı Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı'na 5 Ekim 2011 tarihinde gönderdi.