Bir gazetecinin, İran Cumhurbaşkanı Mahmud Ahmedinejad'ın Genel Kurul'da yaptığı 11 Eylül saldırısı ile ilgili değerlendirmeyi nasıl bulduğu sorusuna İhsanoğlu, "Böyle bir soru, uluslararası bir kuruluşun genel sekreterine sorulmaz. Genel Kurul'da yapılan konuşma, yapan kişiyi bağlar. BM Genel Sekreteri Ban Ki-moon burada olsa ona yöneltebilir miydiniz böyle bir soruyu? Ona yöneltemeyeceğiniz bir şeyi bana ne diye soruyorsunuz?'' şeklinde tepki gösterdi. Ortadoğu'da doğrudan başlayan barış görüşmelerini ve ABD Başkanı Barack Obama'nın geçen yıl Mısır'ın başkenti Kahire'de yaptığı konuşmayı desteklediklerini yineleyen Genel Sekreter İhsanoğlu, ''Biz Sayın Abbas'a olan desteğimize devam ediyoruz. Ve biz Filistin sorununun çözümünde diplomatik çabaları destekliyoruz. Doğu Kudüs Filistin'in başkentidir ve biz iki devletli çözüme inanıyoruz'' dedi. Batı'da ve Amerika'da artan İslamofobi'ye yönelik bir gazetecinin sorusu üzerine Prof. Dr. İhsanoğlu, İslam düşmanlığının marjinal bir grup tarafından körüklendiğini dile getirdi. İslam'ın aşırılıklara ve teröre karşı olduğuna dikkat çeken İhsanoğlu şöyle konuştu: "İslam içindeki bazı aşırı uçlara mensup kimseler İslam'ı temsil etmez. El-Kaide' class='textetiket' title='El Kaide haberleri'>El Kaide lideri Usame Bin Ladin'in ileri sürdüğü fikirler İslam'ı bağlamaz ve bu kimse İslam'ı temsil etmez, edemez. Nasıl ki; Kur'an-ı Kerim yakmak isteyenler Hıristiyanlığı temsil etmiyorsa."