Taraf Gazetesi'nin iddiasına göre Sayıştay, başta Başbakanlık olmak üzere aralarında MİT ve Hazine Müsteşarlığı'nın da olduğu çok sayıda kurum ve bakanlığı denetleyemedi.
Sayıştay'ın Meclis'e gönderdiği 2012 yılına ait raporlarda birçok kurum ve bakanlığa ait görüşlere yer verilemedi. Aynı raporda kendilerine ilgili bilgi ve belgelerin verilmediği, bu sebeple de denetlemenin yapılamadığı belirtildi.
Anayasa göre Sayıştay, bütçenin yasalara uygun harcanıp harcanmadığını, kayıtların tutulup tutulmadığını ve harcamalarda bir yolsuzluk olup olmadığını Meclis adına denetliyor. Raporlar da kesin hesapla birlikte Meclis'e gönderiliyor.
Ancak Sayıştay'ın 2012 yılana ait raporlarında Başbakanlık'ın yanı sıra Çalışma, Ekonomi, Enerji Tarım, Kalkınma, Maliye, Ulaştırma, Kültür, Dışişleri, Sanayi, Sağlık ve Milli Eğitim Bakanlıkları denetlenmedi.
Aynı şekilde Diyanet İşleri Başkanlığı, GAP, Gelir İdaresi Başkanlığı, Hazine Müsteşarlığı, MGK Genel Sekreterliği, MİT ve Türkiye Halk Sağlığı Kurumu da Sayıştay tarafından denetlenemedi.
Gazete haberinde, "Sayıştay'ın raporundaki bilgilere göre Maliye Bakanlığı'ndaki sistem değişikliği sebebiyle böyle bir sonuç doğmuştur ve bu problem 2013 yılı içinde giderilecektir" ifadesi de yer aldı. CHP, Başbakan Erdoğan'ın cevaplaması için Sayıştay'ın raporunu bir soru önergesi ile Meclis'e taşıdı.
