Örgüt lideri olarak yargılanan İlhan Selçuk, iddianamenin açıklanması için 29 Mart'taki yerel seçimin beklendiğini bile ileri sürmüştü. Ancak yargı, gündemini yine kendisi belirledi. 1.909 sayfalık iddianameyi Zekeriya Öz'le birlikte üç savcı hazırladı. İlk iddianamenin üzerinden 8 ay geçtikten sonra mahkemeye gönderildi. Böylece yerel seçimlerin de beklenmediği ortaya çıkmış oldu. Yasaya göre mahkemenin gönderilen iddianameyi incelemek, ret ya da kabul yönünde karar vermek için 15 günlük süresi var. İlk iddianamede 46'sı tutuklu 86 sanık vardı. Bu kez rakam 21'i tutuklu 56 sanık olarak belirlendi. Ancak sanık sayısının azlığına oranla örgüt lideri olan zanlı sayısında artış oldu. İlk iddianamede, İlhan Selçuk, Veli Küçük, Mehmet Fikri Karadağ, Sevgi Erenerol, Muzaffer Tekin, Kemal Alemdaroğlu örgüt yöneticisi olmakla suçlanmıştı. İkinci iddianamede ise 12 örgüt lideri var. 14 kişi hakkında ağırlaştırılmış müebbet hapis cezası istendi. İstanbul Cumhuriyet Başsavcısı Aykut Cengiz Engin, 14 Temmuz 2008'de ilk iddianameyi canlı yayında açıklamıştı. Bu kez farklı bir yol izlendi. Başsavcı Vekili Turan Çolakkadı, kimsenin beklemediği bir anda, iddianamenin iki sayfalık özetini basın mensuplarına verdi. Savcılar, haklarında takipsizlik verilen şüphelilerin ismini "kişi hak ve hürriyetlerine" aykırı olacağı gerekçesiyle ikinci iddianameye koymadı. Alınan bilgilere göre, darbe günlükleri ikinci iddianamede yer alıyor. Ancak günlükler Şener Eruygur ve Hurşit Tolon'un suçlanacağı eylemler olmayacak. Tolon ve Eruygur'un emekli olduktan sonra da darbe girişimlerine devam ettiğine delil gösterilecek. Dava, paşaların darbe yargılamasına dönüştürülmeyecek. İlhan Selçuk gibi örgüt liderliği ile suçlanan sanıklara ilişkin elde edilen yeni deliller de bu iddianamede olacak.