Ergenekon kapsamında tutuklu bulunan ve örgütün yöneticiliği ile suçlanan İşçi Partisi Genel Başkanı Doğu Perinçek'in eşi Şule Perinçek, Muhsin Yazıcıoğlu'nun cenaze törenine katılan Genelkurmay Başkanı İlker Başbuğ'a ithamlarla dolu açık mektup gönderdi. Perinçek, Aydınlık dergisindeki mektubunda Başbuğ'un Genelkurmay İkinci Başkanı Orgeneral Hasan Iğsız ile cenazede omuz omuza saf tutmalarının kendisini derinden üzdüğünü yazdı. Başbuğ'un o kişilerle saf tutmakla şehitlerin kemiklerini sızlattığını ileri sürdü. Perinçek bununla da yetinmeyip, Fethullah Gülen Hocaefendi'nin bir internet sitesinde yer alan ifadelerini de çarpıtarak Yazıcıoğlu'nun cenazesinde 'Alperenleri sokağa dökmek istiyor' iftirasını atıyor. Gülen'in "Alperenler, 'başbuğlar ölmez' diye haykırıp boşalıyorlarsa onların hakkıdır buna müsaade edilmelidir. Ayrıca o insanlar şehit tipinde kazançlıdırlar. O insan dava uğrunda giderken bir şehitlik mülahazası olarak düşünülüp teselli olabilirler... Gerçek milliyetçilik nedir? Onun hayat felsefesini değerlendirip temsil edecek insanlar onu hayırla yad edecektir." şeklindeki sözlerini eleştiriyor. Perinçek, "Bizim şehitlerimiz, gerçek milliyetçilerimiz Doğan Özledir, Uğur Mumcu'lar, Ahmet Taner Kışlalı'lardır, Bahriye Üçok'lar, Muammer Aksoy'lar, Bedreddin Cömert'ler, Turan Dursun'lar, Bedri Karafakioğulları'dır." diyor. Şule Perinçek, mektubunda Alperen Ocakları'na da ağır suçlamalarda bulunuyor. Ülkemizi karanlıklara sürüklemek amacıyla işlenmiş 'siyasi cinayet'lerle ilişkili grup olarak nitelendiriyor.