Örgüt, sistematik faaliyetler için Cumhuriyet Çalışma Grubu (CÇG) adı altında birim kurmuş ve bunu dönemin generalleri Şener Eruygur, Hurşit Tolon, Levent Ersöz ve Albay Hasan Atilla Uğur'un yönetimine bırakmış. Planlarda, 'basının ele geçirilmesi, üniversite öğrencilerinin sokağa dökülmesi, dernekler ve sendikaların hükümet aleyhine teşvik edilmesi' hedefleniyor. İddianameye göre Cumhuriyet Gazetesi'nin Mustafa Balbay imzasıyla 2003'te attığı "Genç subaylar rahatsız" manşeti, psikolojik harekâtın bir parçasıydı. CÇG, ülkede 'darbe zemini' oluşturmak için planlar hazırladı ve bunların bir kısmını uygulamaya koydu. Örgüt, kamu görevlilerini siyasî, dinî görüşlerine, ırkî kökenlerine göre fişledi. Darbeye zemin hazırlamak için yapılan faaliyetlerden bazıları ise iddianamede şöyle sıralanıyor: "Başörtülü öğretmen, öğrenci, doktor, hemşire görüntüleri çektirildi. Camiler, Kur'an kursları hatta aşevleri fişlendi. 81 vilayet irtica durumuna göre sıralandı ve puanlandı. Alevî-Sünnî, Kürt-Türk çatışması için Gazi olayları gibi eylemler gerçekleştirildi. Etnik sorunların batıya yayılması için kent ayaklanması, genel grev ve toplumsal direniş başlığı altında planlar yapıldı. Danıştay saldırısı da yürütme organını devirme eylemi olarak planlandı. Basının ele geçirilmesi: Cumhuriyet Gazetesi ve Aydınlık Dergisi'ne manşet ve kapak haberler yaptırılıyor. Aydın Doğan ve Mehmet Emin Karamehmet'le görüşülerek televizyon ve gazetelerinin yayınları yönlendiriliyor. Televizyon kanalları alınıyor. Kanaltürk'ün kuruluş aşamasına müdahil olan örgüt, Ali Müfit Gürtuna'dan İstanbul TV'yi almaya çalışıyor. Özkan'ın istihdamı için faaliyet yürütülüyor. Cumhuriyet'in tirajının arttırılması için kışlalarda satılması planlanıyor. Fişleme: ETÖ, kendi yandaşları da dahil kamu görevlilerini siyasî, dinî görüşlerine ve ırkî kökenlerine göre fişliyor. 81 ilde camiler ve cami cemaatinin sayısına kadar tespitler yapılıyor. Okullarda ve hastanelerde başörtülü öğretmen, öğrenci, hemşire ve doktor görüntüleri çekiliyor. Sandıklardan çıkan oyların parti bazında dağılımını gösteren tablolar hazırlanmış. Rektörler yönlendiriliyor: Eruygur, yasalara karşı çıkmaları için rektörlere mektup yazıyor. Jandarma Genel Komutanlığı'nda rektörlerle yapılan toplantıda 25 Ekim 2003 günü 'Cumhuriyete Saygı' mitingi yapılması planlanıyor. Türkiye'nin dört bir yanından gelen rektörler, öğretim üyeleri ve öğrenciler Anıtkabir'e yürüyor. Gösteride, 'Ordu göreve' pankartı açılıyor. Görsel faaliyet: Gençlerbirliği-Galatasaray maçında ve MHP mitinginde 'Kıbrıs Türk'tür Türk kalacak' afişleri açtırıldı. Yazılı faaliyet: İnternet sitelerine, mail ve SMS gönderme çalışmaları yapılıyor. Başbakan ve hükümet hakkında karalayıcı bilgiler yayılıyor. CÇG, 2004 yerel seçimleri öncesi faaliyetlerini arttırıyor. İki günde bir rapor hazırlanıyor. 2003 yılının son ayları ile 2004'ün başında düzenlenen raporlardan biri AK Parti'nin muhafazakârlık sempozyumuna ilişkin. Raporda, gizlice davetiye elde edilen sempozyuma ajan gönderildiği belirtiliyor. CÇG'nin faaliyetlerinin çoğunu hayata geçirdiği iddianamede anlatılıyor. Buna ilişkin deliller arasında faaliyetlerin masraflarını gösteren ve komutanlarca imzalı makbuzlar var. Maçlarda açılan afişlerden toplantılarda içilen sigaralara kadar bütün masraflar Jandarma Genel Komutanlığı'nın bütçesinden alınmış. 'Genç subaylar rahatsız' manşeti, psikolojik harp ürünü Ergenekon soruşturmasıyla ilgili ikinci iddianamede, Cumhuriyet Gazetesi'nin 'Genç subaylar rahatsız' manşetine de atıfta bulunuluyor. 23 Mayıs 2003'te Mustafa Balbay imzasıyla yayınlanan haberin psikolojik harbin bir parçası olduğu vurgulanıyor. İddianamenin 1013. sayfasında konuyla ilgili şu değerlendirme yapılıyor: "Cumhuriyet Çalışma Grubu (CÇG) faaliyetleri çerçevesinde darbe zemini hazırlamak ve şartların olgunlaşmasını sağlamak için 'Genç subaylar rahatsız' başlıklı haberi yüksek rütbeli Ergenekon üyelerinin talimatları ve CÇG kararları sonrasında kendi gazetesinde yazdığı, böylece CÇG tarafından planlanan Sarıkız ve Ayışığı darbe planlarına yönelik kaos ortamı için düşünülen psikolojik harekat planını başlattığı anlaşılmıştır." İddianamede, Balbay'da ele geçirilen 436 gizli belge de inceleniyor. Devlet güvenliği gereğince gizli kalması gereken belgelerin, örgütsel faaliyetlerde birlikte hareket ettikleri Şener Eruygur, Hurşit Tolon, Levent Ersöz ve Hasan Atilla Uğur tarafından Balbay'a verildiği vurgulanıyor. MGK toplantılarına ilişkin gizli evrakların da Balbay'da bulunduğuna dikkat çekiliyor: "Gazeteci sıfatıyla belgeleri bulundurduğunu iddia etmiş ise de, Ergenekon'un temel amaçlarından biri olan bilginin paraya çevrilebilirliği ve istihbarat toplamanın örgütsel açıdan önemine binaen şüphelinin örgütsel çalışmalar gereği irtibat kurduğu kişilerden devlete ait gizli belgeleri elde ettiği değerlendirilmektedir." İstanbul, Zaman Kapatma davası açılır, ekonomik kriz de olursa Cumhuriyet Gazetesi İmtiyaz Sahibi ve başyazarı İlhan Selçuk'un AK Parti hakkındaki kapatma davasıyla ilgili sözleri de iddianamede yer aldı. 7 Şubat 2008'de İlhan Selçuk ile Fatoş / İbrahim Y. arasında gerçekleşen telefon görüşmesinde ilginç bilgiler var. Her şeyin elden gittiğini söyleyen İlhan Selçuk, "Yalnız 2 şey var, eğer kapatma davası açılırsa, bir de üstüne ekonomik kriz gelirse, Türkiye biraz karışırsa belki bir umut doğabilir. Yoksa bu devam eder." diyor. İlhan Selçuk'un kızının Ergenekon terör örgütü lideri olduğu iddiası ile yargılanacak emekli orgeneral Şener Eruygur'u arayarak, "Babamı rahat bırakın kalpten gidecek." şeklinde tavır gösterdiği de iddianamede yer aldı. İstanbul, Zaman İDDİANAMEDEN SATIR BAŞLARI Anayasa Mahkemesi üyesine şantaj: Seni başkan yapmayız Ergenekon'a isteyerek yardım etmekle suçlanan Ferda Paksüt, kapatma davası sırasında Anayasa Mahkemesi üyesi Ahmet Akyalçın'ı, 'başkan seçtirmemekle' tehdit etmiş. Gülseven Yaşer, Gülen davası için yalancı şahit aramış ÇEV Başkanı Yaşer'in Fethullah Gülen davasını etkileme çabaları iddianameye girdi. Yaşer, parayla ifade verecek tanık bulmak için bazı komutanlardan yardım istiyor. Ergenekon, Büyükanıt'ı da fişlemiş, 5 klasör toplamış Hurşit Tolon'dan çıkan fişleme belgeleri arasında eski Genelkurmay Başkanı Yaşar Büyükanıt'ın banka hesapları ile sağlık raporlarının da yer aldığı 5 klasör belge bulunuyor.