Yedi bölümden oluşan belgede Ergenekon'ın hiyerarşik yapısı şöyle anlatılıyor: "Ergenekon, örgütün başkanına doğrudan bağlı dört daire komutanlığı ile iki sivil başkanlıktan oluşmalı. Toplam altı ünitenin komutan ve başkanlarının bir asistan, bir de bölüm uzmanından oluşan iki yardımcısı olmalı. Komutan ve başkanların yanındaki bölüm uzmanı, illegal faaliyetlerin yurtiçi ve yurtdışı hukuk platformunda legal gibi gösterilebilmesi düzenlemelerinden sorumlu olacak." Yapılanma ise şöyle: 1- Ergenekon Başkanlığı 2- İstihbarat Dairesi Komutanlığı 3- İstihbarat Analiz ve Değerlendirme Dairesi Komutanlığı 4- Operasyon Dairesi Komutanlığı 5- Finansman Daire Başkanılğı (Sivil) 6- Örgüt İçi Araştırma Dairesi Komutanlığı 7- Teori Tasarım ve Planlama Dairesi Başkanlığı (Sivil)