Terörle Mücadele Yüksek Kurulu'nda alınan "İçişleri Bakanlığı bünyesinde koordinasyon birimi kurulsun" kararı MGK'da da benimsendi. MGK sonrası yapılan açıklamada; "Terörle mücadelede yeni bir kurumsallaşmaya gidilmesi benimsenmiştir'' denildi. Açıklamada; terörle mücadelede koordinasyonu güçlendirmek için yeni bir yapılanmaya gidileceği ifade edildi. Daha önceki terörle mücadele yüksek kurulu toplantısında, İçişleri Bakanlığı bünyesinde istihbarat paylaşımını kuvvetlendirmek için yeni bir koordinasyon birimi kurulması kararlaştırılmıştı. Bugün sonuçlanan MGK toplantısında da bu karar benimsenmiş oldu. Irak'la son günlerde gerçekleştirilen temaslardan sonra bu ülkenin atması gereken adımların yakından takip edilmesi de benimsendi. Kafkasya İstikrar Platformu ve BM Güvenli Konseyi üyeliği ise toplantıda ele alınan diğer konular oldu. Milli Güvenlik Kurulu(MGK) Ekim ayı toplantısı Cumhurbaşkanı Abdullah Gül başkanlığında Çankaya'da 13.30'da toplandı. Tam 4,30 saat süren toplantıda özellikle son günlerde yoğunlaşan terör olayları ele alındı. Toplantıdan sonra MGK Genel Sekreterliği tarafından yapılan açıklamada, toplantının terörle mücadele, Irak, Kafkas İstikrar Platformu ve BM Güvenlik Konseyi üyeliği başta olmak üzere dört ana madde üzerinde gerçekleştiği belirtildi. Bölücü terör örgütünün ve yandaşlarının, ülkemizin birlik ve beraberliğini zedelemeye yönelik menfur eylem ve saldırılarının amacına ulaşamayacağı belirtilen MGK açıklamasında şunlara değinildi: "Milletimizin her zaman olduğu gibi sağduyusunu koruyacağına olan inanç teyid edilmiştir. Bu bağlamda; tehdidin demokrasi ve hukukun üstünlüğü temelinde bertaraf edileceği ve terörizmle mücadelenin devletimizin tüm kurumlarının etkin işbirliği ve milletimizin güven ve desteği ile her koşulda süreceği belirtilmiştir. Bu amaçla, terörle mücadelede koordinasyonu güçlendirmek üzere yeni bir kurumsal yapılanmaya gidilmesi benimsenmiştir." Terörle büyük bir özveri ve başarıyla mücadele eden güvenlik güçlerine yönelik haksız ithamların bölücü terör örgütü ve yandaşlarının amaçlarına hizmet ettiği dile getirilen MGK'da, terörle mücadele ortamında herkesin sorumluluk duygusuyla hareket etmesi ve güvenlik güçlerine destek olması gerektiği vurgulandı. Irak konusunun, Irak tarafıyla yapılan son temaslar ışığında kapsamlı olarak ele alındığı bildirilen MGK açıklamasında, bölücü terör örgütünün Irak topraklarını kullanarak ülkemize eylemlerde bulunmasının önlenmesi ve bertaraf edilmesinin ele alındığı kaydedildi. Bu bağlamda daha etkin ve sonuç alınmasını sağlayacak tedbirlerin değerlendirildiği, Irak tarafının atması gereken adımların ise yakından takip edilmesinin kararlaştırıldığı ifade edildi. Güney Kafkasya'da geçtiğmiz aylarda yaşanan olaylardan sonra gelişmelerin bölgesel ve küresel ölçekte ortaya çıkaracağı sonuçlar üzerinde durulan MGK'da, ülkemiz tarafından gündeme getirilen Kafkasya İstikrar ve İşbirliği Platformu önerisinin hayata geçirilmesi için gerçekleştirilen temaslar ve bölge ülkelerinin söz konusu öneriye yaklaşımları da ele alındı. Türkiye'nin 2009-2010 dönemi için Birleşmiş Milletler Güvenlik Konseyi Geçici Üyeliği'ne büyük bir oy çoğunluğuyla seçilmesinin bölgesel ve uluslararası barış, istikrar, güven, işbirliği ve refahın tesisi yolundaki çabalarına yeni bir ivme kazandıracağı vurgulandı. Toplantıda ayrıca, terör örgütü elebaşı Abdullah Öcalan'a işkence iddialarıyla özellikle Güneydoğu Bölgesi'nde yoğunlaşan gösteri ve eylemlerle ilgili son durumunda ele alındığı öğrenildi. Öte yandan Genelkurmay Başkanı Org. İlker Başbuğ, toplantıya ilk kez Genelkurmay Başkanı sıfatıyla katıldı. Toplantıdan sonra Başbakan Recep Tayyip Erdoğan, Genelkurmay Başkanı Org. İlker Başbuğ, kuvvet komutanları ve bakanlar Çankaya'dan ayrıldı.