Derginin genel yayın yönetmeni Alper Görmüş, kapatılmanın altında yatan asıl gerekçeyi 4 yıl sonra Zaman'a anlattı. Nokta, 5 Nisan 2007 tarihli sayısında, "Genelkurmay'ın 2004'teki STK'larla işbirliği planını açıklıyoruz. Plan bu- gün de geçerli mi?" sorusuyla çıkmıştı. Görmüş, "Bu belgedeki amaçlar 3 yıl son- ra dahi uygulandı. Uygulama alanı da Cumhuriyet mitingleriydi. Biz şifreyi çözünce Genelkurmay'ın ilk muhtırasını yedik ve kapatıldık." dedi. Alper Görmüş'e göre yaşananlar, 'Bundan sonra konsept budur' diyen dergiye, 'Bunu nasıl fâş edersiniz. Bununla ilgili yazıp çizdirmeyiz' diyen bir muhtıraydı. Nokta'nın yayımladığı Aslan Güner imzalı belgede TSK'nın kendisini geri çekerek, sivil toplumla işbirliği içinde hareket etmeye karar verdiği ortaya çıkmıştı. Görmüş, "Bunun ipuçları da yayımladığımız darbe günlüklerinde yer alıyordu. Belgenin tarihi Eylül 2004. 'Bu böyle olmaz, tek başımıza elimizi taşın altına sokuyoruz, rezil oluyoruz' diyerek Sarıkız darbe planını rafa kaldırıyorlar. Konsepti değiştiriyorlar. Anlaşılıyor ki, TSK içindeki klik, STK'ları örgütleyerek bir şey yapacak. Biz bu kapağı hazırlarken de, Ankara Tandoğan'daki 'Cumhuriyet Mitingi'nin hazırladıkları içindeydiler." diyor. Nokta'nın basılmasının altındaki temel sebebi planın açığa çıkarılması olarak değerlendiren Görmüş, "Bunu bana bizzat savcı itiraf etti." ifadesini kullanıyor. Nokta'nın yayımladığı Eylül 2004 tarihli ve dönemin Genelkurmay İstihbarat Başkanı Korgeneral Aslan Güner imzalı belgede, TSK'yla müşterek hareket edebilecek sivil toplum örgütleri belirlenmişti. Belgede yapılacak girişimlerin TSK ile bağlantısı olmayan güvenilir şahıslar aracılığıyla gerçekleştirilmesi isteniyordu. Nokta Dergisi'nin 13 Nisan 2007'de basıldığını söyleyen Alper Görmüş; baskından iki gün önce, Türkiye tarihinde ilk defa bir genelkurmay başkanının emniyet genel müdürünü ziyaret ettiğine dikkat çekiyor. "Bu ziyaretin Nokta'nın basılmasıyla ilgisi var. İki gün sonra polis marifetiyle Nokta basıldı." diyor. AK Parti'nin 27 Nisan muhtırasına verdiği cevapla sivil iradenin gücünü ortaya koyduğunu belirten Nokta'nın eski genel yayın yönetmeni, "AK Parti'nin muhtıraya cevabından sonra, asla böyle bir baskın gerçekleşmezdi." tespitinde bulunuyor.