BALYOZ Darbe Planı'nın konuşulduğu ileri sürülen seminere ait belgelerin imha tutanağı dava dosyasının delilleri arasına girdi. 1. Ordu Komutanlığı'nca Askeri Savcılığa sunulan belgelerde, “ÇOK GİZLİ” seminer evraklarının 2009 yılında imha edildiği belirtildi. Ancak, davaya bakan mahkemeye gönderilen belgelerde 5-7 Mart tarihlerinde bir seminer yapıldığına ilişkin hiçbir bilgi sunulmadı. Balyoz Darbe Planı davasına bakan İstanbul 10. Ağır Ceza Mahkemesi'ne gönderilen bir takım belgelerde, Balyoz'un konuşulduğu 5-7 Mart 2003 tarihli seminere ait belgelerin 2009'da imha edildiği belirtildi. Geçtiğimiz yıl Balyoz belgelerinin nasıl sızdığını araştıran Özel Yetkili İstanbul Cumhuriyet Savcısı Hakan Karaali tarafından mahkemeye gönderilen belgeler, Balyoz'un imha edildiğini resmen ortaya koydu. K.K.K. 1. Ordu Komutanlığı tarafından, 1. Ordu Askeri Savcılığı'na gönderilen 9 Şubat 2011 tarili “GİZLİ” ibareli yazıda, 6 adet döküman hakkında kayıtlarda araştırma yapıldı. İstihbarat Başkanı Kurmay Albay İlhan Kırtıl imzalı “İnceleme listesi” adlı belgede, “05-07 MART 2003” konulu “ÇOK GİZLİ” ibareli belgenin 2009'da imha edildiği belirtildi. Söz konusu ‘İnceleme listesi'nde “Resmi belgenin muhafaza üsul ve yeri” başlıklı kısımda, Balyoz seminerinin yapıldığı tarihe dair hiçbir kayıt yapılmadığı dikkat çekti.5-7 Mart 2003 tarihli imha edilen evrak dışındaki 5 belgeden Egemen Harekat Planı'nın Kontrollü Evrak Bürosu'nda kayıtlı olduğu ve 5 Ocak 2009'da imha edildiği kaydedildi.Diğer belgelerin de Kontrollü Evrak Bürosu'nda muhafaza edildiği belirtildi. Öte yandan, davaya bakan 10. Ağır Ceza Mahkemesi'nin talebi üzerine Genelkurmay Başkanlığı tarafından gönderilen 20 Temmuz 2011 tarihli 171 sayfalık yazıda da Balyoz'un konuşulduğu 5-7 Mart 2003 tarihli seminerden hiç söz edilmediği görüldü. Yönerge gereği belge imha edildi Yazıda, şunlara yer verildi: “Konuyla ilgili evrakların bir kısmı yönerge esasları doğrultusunda her yıl yapılan tasnif işlemi sonucu imha edilmiştir. Tatbikat planlama sürecinin ve söz konusu belgelerin daha iyi anlaşılabilmesi için ihtiyaç duyulması halinde personel katkısı sağlanabilir.” Bu yazıda söz edilen 28 belgenin de 2011 tarihinde imha edildiği görüldü.