MİT, TİB’e, Sincan 1. Ağır Ceza Mahkemesi’ne ve TİB’de keşif yapan Ankara 1. Sulh Ceza Mahkemesi’ne yazı yazarak uyarıda bulundu. YARSAV’ın eski Başkanı Ömer Faruk Eminağaoğlu’nun başvurusu üzerine Sincan 1. Ağır Ceza Mahkemesi TİB’de Eminağaoğlu’nun dinlenilip dinlenmediği konusunda keşif yapılmasına karar vermiş, Ankara 1. Sulh Ceza Mahkemesi Hakimi Hayri Keskin, 5 Kasım günü üç bilirkişi ile birlikte elindeki ikisi faks, 11 numaranın dinlenip dinlenmediğine dair keşif yapmıştı. TİB yöneticileri gizlilik nedeniyle bu işlemin hukuk dışı olduğunu gerekçe göstererek keşfi engellemeye çalışmıştı. Buna karşın Keskin, elindeki numaraları TİB sisteminde sorgulamıştı. Ardından, Keskin, yargı kararının uygulanması sırasında görevini yapmasını engellediği gerekçesiyle TİB aleyhine suç duyurusunda bulunmuştu. TİB yönetimi de gizlilik ihlalini gerekçe göstererek Keskin’i Adalet Bakanlığı’na şikayet etmişti. Adalet Bakanlığı da hızlı bir şekilde soruşturma başlatıp Keskin’in savunmasını almıştı. Sincan Ağır Ceza Mahkemesi ile TİB ve Adalet Bakanlığı arasındaki bu trafik, TİB bünyesinde yasal olarak ‘önleyici istihbarat’ kapsamında dinleme yapan kuruluşları rahatsız etti. Bu kuruluşlardan biri olan MİT, mahkeme kararlarıyla yapılan bu tür işlemlerin, ulusal güvenlik amacıyla icra edilen dinleme faaliyetlerinin gizliliğini riske atacağı endişesiyle taraflara yazı gönderdi. TİB’de Keşif yapılması kararı alan Sincan 1. Ağır Ceza Mahkemesi’ne, dinlemelerin yapıldığı TİB’e ve TİB’de keşif yapan Ankara 1. Ağır Ceza Mahkemesi’ne gönderilen yazılarda, MİT’in kendi görev alanına giren ulusal güvenliğe dair faaliyetleri üzerindeki gizliliğin önemine işaret edilerek, son dönemde yaşanan gelişmelerin bu gizliliğe zarar vermesinden duyulan endişe aktarıldı. TİB’de bölümleri var 3 Temmuz 2005 günü yürürlüğe giren 5397 Sayılı, “Bazı kanunlarda değişiklik yapılmasına dair kanun” ile TİB kurulmuş, polis, jandarma ve MİT yasasına birer madde eklenerek, bu kurumların önleyici istihbarat amaçlı dinlemelerini TİB üzerinden yapması hükme bağlanmıştı. Sözkonusu yasanın 3. maddesi ile 2937 sayılı Devlet İstihbarat Hizmetleri ve Milli İstihbarat Teşkilatı Kanunu’nun 6’ncı maddesi değiştirilerek, devlet güvenliğinin sağlanması, casusluk faaliyetlerinin ortaya çıkarılması, Devlet sırrının ifşasının tespiti ve terörist faaliyetlerin önlenmesine ilişkin olarak, hâkim kararı veya gecikmesinde sakınca bulunan hallerde MİT Müsteşarı veya yardımcısının yazılı emriyle telekomünikasyon yoluyla yapılan iletişimin tespit edilebileceği, dinlenebileceği, sinyal bilgilerinin değerlendirilebileceği, kayda alınabileceği hükme bağlanmıştı. Bu yasa doğrultusunda TİB’de polis ve jandarmanın yanı sıra MİT’e de bir bölüm tahsis edilmiş durumda.