Savcıya göre, yeraltı dünyasının ünlü isimleri Ergenekon'la ilgili soruları yanıtlamaya çekiniyor. Savcı Öz, hatırlanacağı gibi Alaattin Çakıcı, Nuri ve Vedat Ergin, Sedat Peker, Kürşat Yılmaz, Yaşar Öz gibi organize suç örgütü liderlerinin ifadelerine başvurmuştu. Hazırladığı iddianamede Ergenekon'un gücü ve acımasızlığına dikkat çeken Savcı Öz, mafya babalarının Ergenekon'la ilgili konuşmaktan çekindiklerini ve birçok hususu resmi ifadelere yazdırmaktan korktuklarını kaydetti. Öz'ün bu sebeple delil toplamakta ve örgütün yapısını deşifre etmekte zorlandığı öğrenildi. İddianamenin ilgili sayfasında yer alan değerlendirme, Savcı Öz'ün soruşturmayı yürütürken karşılaştığı zorluklara ışık tutuyor. Katı askerî disiplin kurallarını benimseyen Ergenekon'un, cezalandırmada mafya ve terör örgütlerince kullanılan yöntemleri benimsendiği vurgulanıyor. Ardından da, "Hem Ergenekon dokümanı hem de Devletin Yeniden Yapılanması dokümanında 'ayrılan ve ihanet eden örgüt üyelerinin öldürüleceği' hususu açıkça belirtildiğinden, Ergenekon terör örgütünün diğer terör örgütleri gibi kendi üyelerini dahi öldürmekte tereddütsüz davranmakta olduğu da örgütün ne kadar tehlikeli, acımasız ve katı disiplin kurallarıyla yönetildiğini açıkça ortaya koymaktadır." deniliyor. Savcı, soruşturma sırasında mafya babalarının ifadelerine başvururken karşılaştığı zorluğu ise iddianamede şu sözlerle anlatıyor: "Bu konuda savcılığımızca yapılan soruşturma sırasında da kamuoyunda ciddi korku ve endişe yaratan birçok çıkar amaçlı suç örgütü liderleri dahi Ergenekon'la alakalı konularda konuşmaktan çekindikleri birçok hususu resmi ifadelere yazdırmaktan korktukları, örgütün gücü ve acımasızlığının herkes tarafından bilindiği, Ergenekon terör örgütünün ne derece korkutucu ve sindirici olduğunun anlaşıldığı, birçok şahsın sadece şifahen anlattıkları birçok kritik konunun can güvenliklerinden endişe etmeleri sebebiyle tutanaklara geçirilmesini istemediklerinden delil toplamakta ve örgütün yapısını deşifre etmekte zorluklarla karşılaşılmıştır." ZAMAN