Ulaştırma Bakanlığı'nın yaklaşık 3 milyar dolar maliyetle inşa ettiği 73 kilometrelik sistem, güvenlik önlemleri ile de büyük önem arz ediyor. Sefere başlanma tarihi 29 Ekim 2013 olarak açıklanan projede her türlü güvenlik tedbiri alındı. Bu kapsamda inşaat öncesi ve sonrasını içeren bir dizi senaryo düşünülerek risk haritası hazırlandı. Başta 'deprem erken uyarı sistemi' olmak üzere herhangi bir kaza sırasında yolcuların rahatlıkla tahliye edileceği acil çıkış yolları inşa edildi. Tünelde mahsur kalma durumunda çalışanlara bir hafta yetebilecek 'özel hayat odası' yapıldı. Ayrıca gemi batmasına karşı tüneli korumak için Boğaz'ın altına 2 tonluk dev kayalardan 'muhafaza bandı' örüldü. Demiryolları, Limanlar ve Hava Meydanları İnşaatı Genel Müdürlüğü Marmaray Bölge Müdürü Haluk Özmen, projenin en önemli ayağının Boğaz'ın 60 metre altında inşa edilen tüp tünel olduğunu kaydetti. Özmen'in verdiği bilgilere göre Boğaz'dan yılda 50 bin adet gemi geçiyor. Zaman zaman gemiler rotadan çıkıyor, bir yere çarpıyor bazen de dümenleri kilitleniyor. Bu gibi olumsuzluklara karşı tüneli korumak için kalınlığı kimi yerlerde 8, kimi yerlerde 5 metre olan bir beton örtü örüldü. Boğaz'da herhangi bir gemi batma durumunda tüneli korumak için 2 tonluk dev kayalardan bir set oluşturuldu. Aynı zamanda proje, tünel de dahil 7,5 büyüklüğündeki depreme dayanıklı olarak tasarlandı. Tüpler, sızdırmaz nitelikte imal edildi. Deprem durumunda denizden sızıntı olursa tüplerin biri Üsküdar diğeri de Sirkeci istasyonunda bulunan sel koruma kapakları devreye giriyor ve sistem kendini kilitliyor. Yani tüplerden karadaki tünellere doğru su gelme riski engelleniyor. Marmaray projesi kapsamında Boğaz'ın 60 metre altında inşa edilen tünelin dünyanın en derin tüp tüneli olduğunu kaydeden Özmen, "Bundan önce en uzun ve en derin tüp tüneli ABD'deki 45 metre derinliğindeki BART tüneliydi. Biz bu projeyle rekor kırdık." dedi. ZAMAN