Otuzbiroğlu aynı zamanda Balyoz davası sanıkları arasında da yer alıyor. Ergenekon savcılarından Zekeriya Öz tarafından yürütülen internet andıcı soruşturmasında ifadeye çağrılan 19 isimden Koramiral Mehmet Otuzbiroğlu, bu çağrıdan 23 gün sonra ifade vermeye geldi. Soruşturma kapsamında eski 1. Ordu Komutanı Hasan Iğsız, Genelkurmay Adli Müşaviri Tümgeneral Hıfzı Çubuklu, Balyoz davası sanığı Kuzey Deniz Saha Komutanı Koramiral Mehmet Otuzbiroğlu ve Albay Dursun Çiçek'in de aralarında bulunduğu 19 kişi 2 Ağustos 2010 tarihinde ifadeye çağrılmıştı. Şu ana kadar 10 kişi ifade verdi ve serbest kaldı.