İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından kabul edilen 2. Ergenekon İddianamesi'ne göre Şener Eruygur ,10. Cumhurbaşkanı Ahmet Necdet Sezer'e hitaben bir mektup yazdı ve bazı üniversitelere atanacak rektörler için tavsiyede bulundu. Mektupta, Türkiye'nin çok kritik bir süreçten geçtiği belirtilerek, Kars, Manisa ve Zonguldak'ta bulunan üniversitelere atanması istenen isimler sıralanmış. 2. Ergenekon İddianamesi'nde, ADD Genel Merkezi, Pınar Özer isimli şahsa ait, Toshıba marka, seri numarası 7233195169BM8K olan flash bellek üzerinde yapılan incelemede "cumhurbaşkanlığı 16.10.2006.doc" isimli bir MSword dosyası incelendiğinde M.Şener Eruygur adıyla 10. Cumhurbaşkanı Ahmet Necdet Sezer'e hitaben yazılan 16.10.2006 tarihli ve Atatürkçü Düşünce Derneği antetli belgenin bulunduğu belirtiliyor. İddianamede 1 sayfadan ibaret olduğu görülen belgede şunların yazdığı ifade edildi: "Türkiye'nin oldukça kritik bir süreçten geçtiği bu dönemde, üniversitelerimizde yaşanan şeriatçı, yapılanmanın durdurulmasına ve Atatürk ilke ve devrimleri doğrultusunda gençler yetiştirecek üniversiteler olması için her Atatürkçü'nün üzerine düşen görevi yerine getirmesi gerektiğini düşünüyoruz. Bu sorumluluk bilinciyle, Atatürkçü Düşünce Derneği olarak, Üniversite Rektör adaylarından, Kars - Kafkas Üniversitesinde, Prof.Dr. Abamüslüm Güven'in, Manisa - Celal Bayar Üniversitesinde, Prof.Dr. Semra Öncü'yü, Zonguldak- Karaelmas Üniversitesinde, Prof.Dr. Gamze Mocan Kuzey'i, çağdaş, laik ve Atatürkçü kişilikleri nedeniyle desteklediğimizi Zat-ı alilerine bildirir, en derin saygılarımın kabulünü arz ederim." İddianamede ADD Genel Merkezi, Pınar Özer isimli şahsın kullandığı, Samsung marka, seri numarası SOOJJ20X150161 olan bilgisayar hard diski üzerinde yapılan incelemede"FIL4743.DOC" isimli bir MSword dosyası incelendiğinde Av.Ertuğrul Kazancı adıyla YÖK Başkanlığı'na hitaben yazılan 09.05.2006 tarihli ve Atatürkçü Düşünce Derneği antetli belgeye de yer verildi. Söz konusu belgede şöyle denildi: "Yeni açılacak Erzincan Üniversitesi Rektörlüğü için, Erzincan MYÖ Müdürü Prof.Dr. Şakir Bayındır ile Erzurum Üniversitesi Öğretim Üyesi Prof. Dr. Mulkim Sağır'ın adaylıkları yararlı olacakları kanaatiyle tarafımızdan desteklenmektedir." (CİHAN)