Tümgeneralin adı, Gölcük Donanma Komutanlığı'ndan çıkan Balyoz belgelerinde geçiyor. Balyoz'un en önemli ayaklarından biri, "Oraj Hava Harekat Planı". İddiaya göre, cunta, darbe şartlarını olgunlaştırmak için bir Türk jetinin düşürülmesini planladı. Ancak bunun için dönemin Hava Kuvvetleri Komutanı Cumhur Asparuk'un devre dışı bırakılması gerekiyordu. Gölcük Donanma Komutanlığı'nda bulunan ve altında Tümgeneral Bertan Nogaylaroğlu'nun adının yer aldığı "Ek Lahika 1" adlı belge, Asparuk'un, nasıl bir yolla istifaya zorlanacağını anlatıyor. İddiaya göre Şubat 2003 tarihli belgeyi oluşturan kişi Nogaylaroğlu. Çetin Doğan'ın "harp oyunu" savunmasını çökerten belgede cuntanın Asparuk'u sıkıyönetim ilanın ardından istifaya zorlayacağı bilgisi yer alıyor. Balyoz Soruşturması kapsamında ifade veren Tümgeneral Nogaylaroğlu'nun, çok ciddi sağlık problemleri olduğu iddiası da, daha önce kamuoyuna yansımıştı. İnternet sitelerinde yayımlanan belgelere göre, Tümgeneral, kalp, hipertansiyon ve dispilidemi hastası.