Başbakan Erdoğan'ın Pazar günü TRT'te yaptığı açıklama ile bir kez daha gündeme gelen GATA krizi, ilginç bir uygulama farkını da ortaya çıkardı. Hükümet üyeleri için Emekli orgeneral Hilmi Özkök'ün Genelkurmay Başkanı olduğu dönemde türban için “özel izin” çıkmasına karşılık, emekli orgeneral Yaşar Büyükanıt'ın Genelkurmay Başkanı olduğu dönemde ise çıkmadı. Vatan gazetesinde yer alan haberdeki iddiaya göre Gül, 2006 Mart'ında Başbakan Yardımcısı iken iç kulaklardaki travma nedeniyle GATA'da operasyon geçirdi. Toplam 5 gün GATA'da kalan Gül'e eşi Hayrünnisa Gül refakat etti. Hayrünnisa Gül'ün bu sırada hastaneye arka kapıdan girdiği iddiası ortaya atılmış, Dışişleri Bakanlığı ise 'arka kapı haberlerinin' gerçeği yansıtmadığını açıklamıştı. Ancak sonradan tüm askeri tesislerde olduğu gibi GATA'da da türban yasağı uygulanmasına rağmen Hayrünnisa Gül için özel izin çıktığı ortaya çıkmıştı. Başbakan Erdoğan'ın eşi Emine Erdoğan ise, 2007 yılında GATA'da yattığı dönemde ünlü tiyatro sanatçısı Nejat Uygur'u ziyaret etmek istedi ve Uygur'un eşi Nejla Uygur'a telefon ederek ziyaret etmek istediğini bildirdi. Nejla Uygur ise hemşirelerin “türban” sorunu nedeniyle uygun bulunmadığını belirtmeleri üzerine Emine Erdoğan'a durumu iletti ve iki eş GATA dışında buluştu. Gül ile Erdoğan'ın eşlerine yönelik uygulama farklılığının nereden kaynaklandığı konusunda merak yarattı. GATA'dan herhangi bir açıklama yapılmadığı için, Emine Erdoğan'ın türban nedeniyle ziyaretçi olmasını uygun bulmayan makamın GATA komutanlığı mı, Genelkurmay Başkanlığı mı olduğu açıklık kazanmadı. Kulislerde iki hükümet üyesinin eşine yönelik farklı uygulamanın “dönem” farkından kaynaklandığı yorumları yapılıyor. 2006'da da 2007'de de GATA Komutanlığı'nı şu anda 2. Kolordu Komutanı olan Korgeneral Necati Özbahadır görev yapıyordu. Özbahadır bu görevi 2008'de devretti. Hayrünnisa Gül'ün refakatçı olması için “özel izin” verilen dönemde Genelkurmay Başkanı olan Özkök'ün 2006 itibariyle görevini Büyükanıt'a devrettiği ve Erdoğan'ın GATA'ya ziyareti olmak istediği dönemde Büyükanıt'ın görevde olduğuna dikkat çekiliyor.