Ergenekon iddianamesi ek delil dosyaları arasındaki 352. klasörde yer alan gizli tutanakların orijinal halini gösteren belgeler Ulusal Kanal'da bir CD'de kayıtlı bulundu. Belgeye göre 2006 yılı Mayıs ayında İstanbul Harp Akademileri'nde 6 mühür ve 2 soğuk damga kayboldu. Kayıp mühürlerle ilgili 7 personelinin ifadesine başvuruldu. Ergenekon soruşturması kapsamında 21 Mart 2008 tarihinde baskın yapılan Ulusal Kanal'da çok sayıda belge ve bilgisayara el konulmuştu.