Yargıtay 9. Ceza Dairesi tarafından Mısır Çarşısı davasında beraat kararı bozulan ve bu karar Yargıtay Ceza Genel Kurulu tarafından onaylanan Sosyolog Pınar Selek, Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi'ne (AİHM) başvurdu. İstanbul 12. Ağır Ceza Mahkemesi'nin beraat kararı verdiği Pınar Selek, hakkındaki kararın Yargıtay'dan dönmesi üzerine yeniden yargılanacak. 'Adil yargılanmadığı' ve 'işkenceye maruz kaldığı' gerekçesiyle AİHM'ye başvuran Selek, dilekçesinde, "Yargının bağımsızlığı ve tarafsızlığı ilkesi ihlal edildi. Yasa dışı oluşturulan delillerle yargıya müdahale edildi." iddiasında bulundu. Selek, işkence gördüğüne ilişkin raporu da dilekçesi ile birlikte AİHM'ye gönderdi. Selek, AİHM başvurusunda 'Yeniden adil bir şekilde yargılanma' ve 'manevi tazminat talebinde' bulundu. Mısır Çarşısı patlaması davasında İstanbul 12. Ağır Ceza Mahkemesi'nde yargılanan Pınar Selek, patlamaya bombanın mı yoksa LPG'nin mi neden olduğunun kesin tespiti yapılamadığı gerekçesiyle beraat etmişti. Yargıtay 9. Ceza Dairesi, patlamanın bombadan kaynaklandığı yönündeki raporları dikkate alarak yerel mahkemenin beraat kararını bozmuştu. Daire, Selek ve beraberinde yargılanan Abdülmecit Öztürk'ün Mısır Çarşısı'na bombayı bizzat koyduklarını savunmuştu. Daire bu nedenle, her iki sanık hakkında eski TCK'nın 125, yeni TCK'daki 302'nci maddede tanımlanan 'ülkeyi silah zoruyla bölmeye kalkışmak' suçundan ağırlaştırılmış ömür boyu hapse mahkûm edilmeleri gerektiği yönünde karar oluşturmuştu. Yargıtay Başsavcılığı ise suçun örgüt üyeliği olduğu ve 22.5 yıl ceza verilmesi gerektiğini belirterek dosyayı Yargıtay Ceza Genel Kurulu'na göndermişti. Genel Kurul da 9. Ceza Dairesi'nin kararı doğrultusunda Pınar Selek'in ağırlaştırılmış ömür boyu hapse mahkûm edilmesi gerektiğine hükmetti. Beraat kararı iki kez Yargıtay'dan dönen Selek, müebbet hapis istemiyle 9 Şubat 2001 tarihinde yeniden hakim karşısına çıkacak.