16 Kasım 2008 tarihinde müzede özel güvenlik görevlisi, Uluçalireis Denizaltısı'nda patlayıcılar bulmuştu. Ergenekon iddianamesinde söz konusu denizaltıda çocukların ziyaret ettiği sırada bombanın patlatılmasının planlandığı ortaya çıkmıştı. Deniz Kuvvetleri Komutanlığı yetkilileri ise bugüne kadar gemide bulunan patlayıcıların çok eski ve patlama özelliğini yitirmiş, unutulmuş mühimmat olduğunu savunuyordu. Ancak denizaltında mühimmat bulunması sırasında söz konusu TNT kalıpları, Rahmi Koç'un koruması Nedim ismindeki emekli SAT komandosuna inceletildiği ve emekli SAT'çının bulunan malzemenin patlayıcı nitelikte olduğunu söyleyerek uyardığı ortaya çıktı. İddianamenin ek klasörlerinde, patlayıcıları tesadüfen bulan ve müzede güvenlik görevlisi olarak çalışan emekli astsubayın ve Müze Genel Müdürü Ertuğrul Duru'nun olay ile ilgili 'bilgi alma tutanakları' yer aldı. Müze Genel Müdürü Duru, patlayıcıların bulunduğu günü şöyle anlatıyor: "Denizaltında rehber olarak görev yapan Hasan Oğuz İşleyenel, elinde bir torbayla odama geldi. Benimle özel olarak görüşmek istediğini söyledi ve torbanın içindeki malzemeleri gösterdi. Malzemelerin patlayıcı olabileceğini söyledi ve malzemeleri alarak beraber denizaltına gittik. Bu esnada Rahmi Koç'un koruması olan Deniz Kuvvetleri'nden emekli SAT'çı Nedim isimli şahsı hemen müzeye davet ettik. Kendisi hemen müzeye geldi ve malzemelerin patlayıcı özellikte olduğunu söyledi." Bunun üzerine Kuzey Deniz Saha Komutanlığı Kurmay Başkanı'nı aradığını söyleyen Müze Genel Müdürü Duru'nun tutanaktaki ifadeleri şöyle devam ediyor: "Kendisini ziyaret edip konuyu ilettim. Aynı gün içinde Beykoz Sualtı Komutanlığı'ndan iki kişinin geldiğini gördüm. Bunlardan biri binbaşı, diğeri ise astsubay rütbesinde iki askeri personeldi ve malzemeyi incelediler. Malzemelerin şu an kullanılmadığını ve çok eski olduğunu söylediler. Malzemeleri tutanak karşılığında, gelen görevlilere teslim ettik."