Geçersiz oyların genellikle, mührün oy pusulasında 'evet' veya 'hayır'ı belirten karelerin kesiştiği noktasının ortasına basılması sonucu ortaya çıktığı kaydedildi. Ayrıca mürekkebin pusulada dağılması da tercih dışı kalmada önemli bir etken oldu. Bunun yanı sıra kimi vatandaşlar da oy pusulaları ile mesaj vermeye çalıştı. Küçükçekmece'de oturan Remzi Ç. adlı bir vatandaş, "Referandum siyasi bir tercih değildir" açıklamalarına rağmen sandıktan siyasi görüşünü belirten bir mesaj verdi. Kabindeyken pusulanın tam ortasına mührü basan vatandaş, tercih kağıdının üzerine kalemle 'Büyük Birlik Partisi'nin helikopter kazasından ölen Genel Başkanı Muhsin Yazıcıoğlu'nun ismini yazdı. Vatandaş, pusula ile birlikte üzerinde 'Şehidim ruhun şad olsun' yazan Yazıcıoğlu'nun resmini de zarfa koydu. Siyasi mesajını cep telefonu ile görüntüledikten sonra zarfı seçim sandığına attı. Referandum sürecinde yurt içi ve yurt dışı seçmen kütüğüne kayıtlı 52 milyon 51 bin 828 seçmenden 38 milyon 369 bin 99 kişi oy kullanmıştı. Kullanılan oyların 37 milyon 644 bin 37'si geçerli, 725 bin 62'si geçersiz sayılmıştı.