Sarıkaya iddianamenin dipnotlarında istihbarat faaliyetlerinin nasıl yapılacağının yasal çerçevesini çizdi ve ardından JİTEM'in nasıl kurulduğunu anlattı. İddianamenin JİTEM faaliyetlerinin anlatıldığı bölümünde Sarıkaya, PKK itirafçısı Abdülkadir Aygan'ın anlatımlarının yer aldığı "İtirafçı-Bir JİTEM'ci anlattı" adlı kitaptaki bilgileri de değerlendirdi. Faili meçhul cinayetlerin anlatıldığı kitabın bir fotokopisini Şemdinli Davası dosyasına ekleyen Sarıkaya, kitabın bir fotokopisini de cinayetlerle ilgili suç duyurusunda bulunduğu, Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı'na gönderdi. BİRBİRİNİN AYNI Sarıkaya adı faili meçhul cinayetler, bombalama, adam kaçırma, cinayet, şantaj gibi eylemlerle gündeme gelenJİTEM ile Jandarma Genel Komutanlığı'na bağlı Jandarma İstihbarat Teşkilatı'nın (JİT) birbirinin aynı olduğunu ileri sürdü. Sarıkaya'nın JİTEM-JİT değerlendirmesi şöyle: "JİTEM ve JİT olarak ifade edilen istihbarat birimi; merkezde Jandarma Genel Komutanlığı'na bağlı Tuğgenerallik seviyesinde Daire Başkanlığı, 1997 yılına kadar Bölge Komutanlıkları ile bunlara bağlı tim komutanlıkları şeklinde bir yapısının olduğu değerlendirilmektedir. Ancak bu yapılanma hiç bir şekilde resmi makamlar tarafından kamuoyu ile paylaşılmamıştır. 5397 sayılı yasa istihbarat ihtiyaçlarını karşılamak için meydana getirilmiş sistemi, sistemin işlemesini bu hususta hukuka uygun işlemlerin ne suretle gerçekleştirileceğini, kararların hangi makamlar tarafından ve ne gibi koşullara uyulması suretiyle alınacığını bu husustaki denetim kurallarını ve usüllerini, istihbarat ihtiyacının milletlerarası hak bildirilerini ve anayasanın güvencelerine uygun olarak nasıl giderileceğini göstermektedir."