Şimdiye kadar Meclis'te birçok komisyon kuruldu, yüzlerce kişi dinlendi, çeşitli açıklamalar yapıldı ama bu çalışmaların hiç biri Şemdinli Komisyonu kadar konuşulmadı. İddianamedeki bazı bilgilerin Şemdinli komisyonundan gittiğinin ortaya çıkması tartışma konusu oldu. Yargıtay Eski Başkanı Sabih Kanadoğlu komisyonun Anayasa'ya aykırı olduğunu söyledi.Sabih Kanadoğlu şöyle dedi: "TBMM, yargının işlevine kaba bir saldırıda bulunmaktadır. Yasamaya karşı bağımsızlığın ilk koşulu bu tür aslında Soruşturma Komisyonlarının kurulmasından geçer" Ancak bazı hukukçular Kanadoğlu'yla aynı görüşte değil. Aynı zamanda bir Anayasa hukukçusu olan Meclis Anayasa Komisyonu Başkanı Burhan Kuzu, Meclis'te komisyon kurulmasının yargıya müdahele anlamına gelmediğini belirtti. Türk siyasi tarihine damgasını vuran Susurluk olaylarıyla ilgili de bir yandan yargı süreci devam etmiş, diğer yandan Mecilste araştırmalar sürmüş, konuyla ilgili birçok kişi komisyona gelip bilgi vermişti.