Şemdinli dosyasına yönelik kararını da bu çerçevede verdi. Dava yeniden özel yetkili Van 3. Ağır Ceza Mahkemesi'nde görülecek. Sanıklar hakkında daha önce 39 yıl hapis cezası verilmiş, ancak dava askerî mahkemeye alınarak tahliye kararı çıkarılmıştı. Şemdinli'de Umut Kitap Evi'nin bombalanması ve bir kişinin ölümüyle sonuçlanan olaylara ilişkin açılan dava yeniden Van özel yetkili 3. Ağır Ceza Mahkemesi'ne dönüyor. Alınan bilgilere göre, Yargıtay 9. Ceza Dairesi ve askerî mahkeme arasında oluşan görev uyuşmazlığını değerlendiren Uyuşmazlık Mahkemesi, kararını verdi. Astsubaylar Ali Kaya, Özcan İldeniz ve PKK itirafçısı Veysel Ateş'in "suç örgütü üyesi olmak ve adam öldürmek" suçlarından özel yetkili mahkemelerde yargılanması hükme bağlandı. 12 Eylül'deki referandumla Anayasa'nın 145. maddesinde düzenlemeye gidilmiş, askerî mahkemelerin görevi sadece askerî suçlarla sınırlandırılmıştı. Uyuşmazlık Mahkemesi de içtihatlarını bu çerçevede değiştirdi. Bu ay sonuna kadar ilgili karar yazılacak ve Şemdinli dosyası Van 3. Ağır Ceza Mahkemesi'ne gönderilecek. Bu mahkeme, daha önce davayı sonuçlandırmış ve sanıkları 39 yıl 6 ay hapis cezasına çarptırmıştı. Ancak dava askerî mahkemeye alınarak sanıkların tahliyesi sağlanmıştı. Uyuşmazlık Mahkemesi'nin emsal niteliğindeki kararıyla birlikte, Ergenekon ve Balyoz sanıklarının asker oldukları için askerî mahkemede yargılanmaları gerektiği tezi de çökmüş oldu. Dosyalar Yargıtay 9. Ceza Dairesi'ne gittiğinde Uyuşmazlık Mahkemesi'nin kararı bağlayıcı olacak. Şemdinli davasıyla ilgili önemli bir gelişme yaşandı. Van 3. Ağır Ceza Mahkemesi'nde görülen dava dosyası Yargıtay'ın kararıyla askeri mahkemeye gönderilmişti. Ancak askeri mahkeme, sanıkların 'adam öldürmek' suçundan yargılandığı davaya kendisinin bakamayacağını belirterek 'görevsizlik' kararı verdi. Sivil ve askeri mahkeme arasında oluşan 'görev uyuşmazlığı' nedeniyle dosya Şubat 2011'de Uyuşmazlık Mahkemesi'ne gitti. Adli, idari ve askeri yargı arasındaki görev uyuşmazlıklarına bakan yüksek mahkeme olan Uyuşmazlık Mahkemesi de, tarihi bir karar verdi. Mahkeme, yargılamanın 'çete' suçundan ve Ceza Muhakemesi Kanunu(CMK)'na göre özel yetkili sivil mahkemede görülmesine karar verdi. Mahkeme, 12 Eylül Referandumu ile yapılan değişikliği dikkate aldı. Referandumla Anayasa'nın 145'inci maddesinde 'çete kurmak' ve 'cinayet' suçlarında sanıklar asker de olsa yargılamanın sivil alanda yapılması öngörülüyor. Sanık astsubayların avukatı Vedat Gülşen, dosyanın tekrar Van 3. Ağır Ceza Mahkemesi'ne gideceğini anlattı. Gülşen, "Uyuşmazlık Mahkemesi, referandumla yapılan değişiklik nedeniyle bütün içtihatlarını değiştiriyor. Bundan sonra dosya mahkemeye vardığında yeniden yargılama başlayacak." dedi. Uyuşmazlık Mahkemesi'nin bu kararıyla Ergenekon ve Balyoz davaları sanıklarının asker oldukları için askeri mahkemede yargılanmaları gerektiği tezi çökmüş oldu.