Soruşturmayı yürüten yetkili savcılığın, Genelkurmay’dan istediği yüzlerce sayfa belgenin ekleriyle birlikte imha edildiğine dair tutanaklara iddianamede yer verildi.  İmha edilen belgeler arasında Batı Çalışma Grubu’nu (BÇG) deşifre eden, BÇG’nin oluşturulması ve Rapor Sistemi adlı dosyalar da bulunuyor. Savcılık, Jandarma Genel Komutanlığı’nın arşivindeki belgelerle  Ergenekon ve Balyoz soruşturmaları kapsamında Gölcük’te ele geçirilenleri karşılaştırdı. Böylece imha edilen belgeleri tespit etti. Aralarında eski Emniyet İstihbarat Daire Başkan Vekili Bülent Orakoğlu’nun da bulunduğu müştekiler imha edilen belgelerin bir kısmını savcılığa delil olarak sundu. Bu belgelerle ilgili tutanaklar, Türk Silahlı Kuvvetleri’ndeki fişlemenin 31 Aralık 2010’a kadar sürdüğünü gösteriyor. Ayrıca 2 binden fazla belgenin ekleriyle birlikte imha edildiğini ortaya koyuyor.

Zaman'ın haberine göre, imha edilen belgelere ilişkin bilgiler iddianamenin 301-302. sayfalarında yer alıyor. Söz konusu bölümde Deniz Kuvvetleri Komutanlığı İstihbarat Başkanlığı ve İstihbarata Karşı Koyma ve Güvenlik Daire Başkanlığı’nın BÇG ile ilgili belgeleri imha ettiği belirtiliyor.  

Savcının Jandarma’da bulunan belgelerde yaptığı inceleme ise BÇG’nin 2009’a kadar varlığını sürdürdüğünü ortaya koydu. Jandarma Genel Komutanlığı ve Jandarma Bölge Komutanlıkları’nın BÇG’nin istediği bilgi ve belgeler ile BÇG rapor sisteminde belirtilen BÇG Çalışma Grubu Olay Bildirim Raporu (BATOLBİLRAP) belgelerini 1997 yılı Nisan ayında göndermeye başladığı, bu durumun 10 Aralık 2003 tarihine kadar devam ettiği vurgulandı. Savcılık iddianamede, Jandarma ve BÇG’yle ilgili sürecin burada da bitmediğini yani 2009’a kadar da farklı bir isimle (olay  bildirim raporu) gönderildiğini şu ifadelerle kayda geçirdi: “Bu tarihten itibaren BÇG rapor sisteminde belirtilen Batolbilrap adının yerine sıra numarası devam edecek şekilde olay bildirim raporlarını ve BÇG’nin istediği bilgi ve belgeleri 13.3.2009 tarihine kadar BÇG’ye gönderdikleri belgelerden tespit edilmiştir.”

Savcılık, imha edildiği belirtilen belgelerin bir kısmının Ergenekon ve Balyoz soruşturması kapsamında yapılan aramalarda ele geçirildiğini tespit etti. İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı’nın Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı’na gönderdiği Ergenekon ve Balyoz soruşturmalarında da ele geçirilen belgelerden bazıları şöyle: “BÇG Rapor Sistemi konulu belge (Ergenekon soruşturmasında yakalanan şüpheliler Doğu Perinçek ve Tuncay Özkan’da ele geçirildi. Aynı belge Balyoz soruşturması kapsamında Gölcük’te de bulundu. Müştekiler Bülent Orakoğlu, Arslan Değirmenci, Şeref Malkoç, Mehmet Bekaroğlu, Kazım Arslan; Teoman Rıza Güneri ve Şamil Tekir de aynı belgeyi savcılığa sundu.)”

İddianamede, Genelkurmay antetli CD içerisinde bulunan Batı Harekat Konsepti konulu belgenin de Ergenekon soruşturmasında gözaltına alınan Erkut Ersoy, Ümit Sayın’dan ele geçirildiği kaydedildi. Aynı şekilde BÇG İnceleme Sonuçları adlı belgenin Ergenekon sanığı Hüseyin Buzoğlu’nda ve ODA TV’de yapılan aramada KOZİNOĞLU klasöründen elde edilen belgeler arasında bulunduğu ifade edildi.

İmha işlemlerine karşın, savcılığın belgelere nasıl ve nereden ulaştığı iddianamede yer alıyor. ‘Deliller’ başlığı altında, kaynaklar şöyle sıralanıyor: “Genelkurmay Başkanlığı’ndan, MİT Müsteşarlığı’ndan ve MGK Genel Sekreterliği’nden gönderilen belgeler. Şüpheli ve şüpheli müdafilerinin Genelkurmay Başkanlığı’ndan talep ettikleri.  TBMM Darbeleri Araştırma Komisyonu’nun Cumhurbaşkanlığı arşivinden, bakanlıklardan, kamu kurum ve kuruluşlarından ve vatandaşların ibraz etmiş olduğu belgeler. YÖK Başkanlığı’ndan gönderilen ve YÖK’te yapılan aramada elde edilen; Ergenekon ve Balyoz adlı soruşturmalardan gelen belgeler. Şüphelilerin ifadeleri ve vermiş oldukları; bir kısmı şüphelilerin ikametlerinde yapılan aramalarda elde edilen; müşteki - mağdur - tanık ifadeleri ve müşteki - mağdur ve tanıkların vermiş olduğu belgeler. TÜBİTAK’ta görevli üçlü bilirkişi oluşturularak alınan teknik bilirkişi raporu ve tüm soruşturma dosyası içeriği.”