Balyoz darbe planı soruşturmasını yürüten savcılar, daha önce hazırlanan 3 askeri bilirkişi ve bir TÜBİTAK raporu arasında çelişkiler bulunduğu gerekçesiyle TÜBİTAK’a çelişkilerin nedenini sormuştu. TÜBİTAK’ın yaptığı inceleme sonucunda hazırladığı rapor 17 Haziran 2010 tarihinde savcılığa ulaşmıştı. Askeri savcılıktan Beşiktaş’taki İstanbul Adliyesi’ne gelen bir subay, TÜBİTAK raporunun bir örneğini aldı. Söz konusu raporda Balyoz CD’leri hakkında hazırlanan bilirkişi raporlarında çelişki bulunmadığı, farklı tespitlerin ise bilirkişilerin farklı uzmanlık alanına sahip olmasından kaynaklandığı belirtilmişti. Aynı raporda CD’lerde değişiklik yapıldığına dair veri bulunamadığı da kaydedilmişti.