Soruşturma safhasında sonuç raporunun, Kara Kuvvetleri Komutanlığı'nın arşivinde olduğu ortaya çıkmıştı. İstanbul Özel Yetkili Cumhuriyet savcıları raporu o süreçte talep etti. Ancak Genelkurmay "Devlet sırrı olan gizli belgeyi veremeyiz" dedi. İddianameyi kabul eden 10. Ağır Ceza Mahkemesi duruşmanın yapılacağı 16 Aralık 2010 gününü ve 102 sanık hakkında tutuklama kararını verdiği tensip tutanağında o belgenin sonuç raporunun mahkemeye gönderilmesi gerektiğini vurguladı. Tensip tutanağında, "8-5-7 Mart 2003 tarihinde İstanbul 1. Ordu Komutanlığı'nda icra edildiği bildirilen plan seminerine ait sonuç raporunun Genel Kurmay Başkanlığı ve Kara Kuvvetleri Komutanlığı'n-dan (KKK) mahkememize celbi için müzekkere yazılmasına... " denildi. İMHA ETTİK AMA KKK'DA VAR Balyoz'un soruşturulması safhasında savcılar raporun askeriyede olduğunu tespit etmişti. Balyoz Darbe Planı'nın konuşulduğu plan seminerinin ardından, dönemin 1. Ordu Komutanı Org. Çetin Doğan tarafından hazırlanan sonuç raporunun KKK'nın arşivinde olduğu ortaya çıktı. Soruşturmayı yürüten İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı, Genelkurmay ve KKK'ya yazı yazarak, sonuç raporunun kendilerinde olup olmadığını sordu. Genelkurmay ise, "Sonuç raporunu biz imha ettik ama KKK arşivinde var" açıklamasını yaptı. Genelkurmay, belgenin 'devlet sırrı' kapsamında olduğu için açıklanamayacağını ancak davayla ilgili iddianamenin kabulü halinde raporu mahkemeye gönderilebileceklerini belirtti. GÖZLEMCİLER: İÇ TEHDİT ELE ALINDI İddianamede, Genelkurmay tarafından gönderilen gözlemcilerin raporu da yer aldı. Gözlemciler, seminerde, birinci öncelikli tehdit olarak Yunanistan'ın değil iç tehdidin ele alındığını yazdı. Plan seminerine Genelkurmay Başkanlığı adına çeşitli rütbelerde 7 subay, Kara Kuvvetleri Komutanlığı adına çeşitli rütbelerde 7 subay ve Hava Kuvvetleri Komutanlığı adına 1 subay gözlemci olarak katıldı. Seminerde görüşülen konuların özetlendiği raporun üçüncü sayfasında, "olasılığı en yüksek senaryo" ile ilgili olarak "birinci öncelikli tehdit", iç tehdit olarak vurgulanıyor. Kuzey Irakta meydana gelen gelişmeler ise dış tehdit olarak değerlendiriliyor. "İç tehdit ile ilgili olarak" öncelikle 'Milli Mutabakat Hükümeti'nin kurulmasının gerektiği belirtiliyor.