Ancak yanlışlıkla Meclis'e giden dosya, dolaşa dolaşa bugünlere gelinmiş Sultanahmet'te Four Seasons Oteli'nin tarihi kalıntılar üzerinde ek bina yapmasının yolu, 2000 yılında alınan kararla açıldı. Bu tarihte Kültür ve Turizm Bakanlığı 2000'de, bölgeye "Arkeolojik Park, Turizm ve Kültür Alanı" fonksiyonu verilmesini istedi ve bu amaçla hazırladığı planları askıya çıkarması için İstanbul Büyükşehir Belediyesi'ne gönderdi. Belediye Planlama Müdürlüğü, teknik ve hukuki sorunlar nedeniyle Büyükşehir Belediye Başkanı Kadir Topbaş'ın karara itiraz etmesini, bakanlığın direnmesi durumunda da dava açılmasını önerdi. Topbaş, bunu yapmak yerine, dosyayı Belediye Meclisi'ne gönderdi. "Yanlışlıkla" gönderildiği söylenen dosya, yıllarca meclis ile müdürlük arasında gidip geldi. Bu sırada da inşaat izni çıktı ve bina yükselmeye başladı. Bizans Sarayı kalıntıları üzerinde otel ek binalarının yükselmesine neden olan sürecin kronolojisi şöyle: Sultanahmet Camii, Ayasofya, Topkapı Sarayı gibi önemli tarihi yapıların yer aldığı hat üzerinde bulunan ve bir bölümünde eski Sultanahmet Cezaevi'nin olduğu parseller, Anıtlar Yüksek Kurulu tarafından 1981'de "kültür varlığı" olarak tescil edildi. Yetki bakanlıkta 1982 tarihli Turizmi Teşvik Yasası'na dayanılarak aynı yıl çıkarılan Bakanlar Kurulu Kararı ile, söz konusu bölge "İstanbul Sultanahmet Meydanı Turizm Merkezi" olarak ilan edildi. Böylece bölgeyle ilgili plan yapma yetkisi Kültür ve Turizm Bakanlığı'na geçti ve bugünkü duruma yol açan sürecin ilk adımı atıldı. Arazi üzerindeki eski Sultanahmet Cezaevi binası Kültür ve Turizm Bakanlığı tarafından 1992'de, otel yapılmak üzere 49 yıllığına Sultanahmet Turizm A.Ş.'ye kiralandı. 1991'de kurulan şirket, 1996'da cezaevini otel olarak hizmete açtı. İstanbul 1 Numaralı Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Kurulu, 1995'de Sultanahmet bölgesini de içine alan tarihi yarımadanın tamamını sit alanı ilan etti. Kurulun kararı gereğince, İstanbul Büyükşehir Belediyesi, tarihi yarımada ile ilgili 1/5000 ölçekli koruma amaçlı nazım imar planı çalışmalarına başladı. Hazırlanan planlar 2003'de İstanbul Büyükşehir Belediye Meclisi'nce uygun görüldü. Ayrıcalık kazandı Büyükşehir Belediyesi plan çalışmalarını sürdürürken, Kültür ve Turizm Bakanlığı 2000'de, bölgeye "Arkeolojik Park, Turizm ve Kültür Alanı" fonksiyonu verilmesini istedi. Turizm fonksiyonu verilen yerler, imar ayrıcalıkları kazanıyor, kısıtlamalar kaldırılıyor. Turizm Bakanlığı kendisi plan yaparak yürürlüğe koyabiliyor. Büyükşehir Belediyesi'nin hazırladığı koruma amaçlı nazım imar planlarıyla ilgili yasal prosedür henüz tamamlanmadan, Turizm Bakanlığı söz konusu parsellerle ilgili mevzii imar planları hazırladı. Bakanlık kendi planlarını, askıya çıkartılması ve ilgili kurumlara haber verilmesi için İstanbul Büyükşehir Belediyesi'ne gönderdi. İstanbul Büyükşehir Belediyesi Planlama Müdürlüğü, Turizm Bakanlığı'nın askıya çıkartılması için kendilerine gönderilen planlarıyla ilgili olarak Topbaş'a şu görüşü bildirdi: "Tarafımıza iletilen söz konusu planların Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Kanunu prosedürünün tamamlanmasına müteakip askıya çıkartılabileceği, aksi halde yasa hiyerarşisi, yetki paylaşımı ve uygulama prosedürü bakımından teknik ve hukuki problem yaratacağından plan uygun bulunmamış olup yukarıda açıklanan gerekçeler doğrultusunda plana itiraz edilmesi, itirazın reddedilmesi (Bakanlıkça) durumunda dava açılması gerektiği müdürlüğümüz görüşüdür." 'Görüldü' onayıyla Meclis'e Topbaş, 9 Haziran 2005'de, Planlama Müdürlüğü'nün görüş yazısıyla birlikte önüne gelen dosyayı, "Görüldü" onayı ile Belediye Meclisi'ne havale etti. Oysa Topbaş'ın müdürlüğe, "İtiraz edilsin" veya "Askıya çıkarılsın" şeklinde talimat vermesi gerekiyordu. Topbaş'ın "yanlışlıkla" dosyayı Meclis'e gönderdiği bildirildi. Büyükşehir Belediye Meclisi 17 Haziran 2005'de, sanki Büyükşehir Belediyesi'nin hazırladığı planlara itiraz varmış gibi değerlendirme yaparak, "İtiraz incelenmiş olup, müdürlüğüne iadesi" diyerek, dosyası Planlama Müdürlüğü'ne iade etti. Planlama Müdürlüğü, dosyanın 'yanlışlıkla' gönderildiği Meclis'te yine 'yanlışlıkla' bir kararı alındığını, alınmış olan kararın yeni karar ile ortadan kaldırılması gerektiğini belirterek dosyayı Meclis'e gönderdi. Anlaşma sağlanamadı İlgili müdürlük ile meclis, dosya hakkında anlaşamadı. Dosya, 11 Mayıs 2006'ya kadar meclis ile müdürlük arasında gitti geldi. 11 Mayıs 2006'da dördüncü kez dosyayı inceleyen Belediye Meclisi, şu kararı aldı: "Sayılı İstanbul Büyükşehir Belediye Meclis kararlarının iptal edilerek dosyanın müdürlüğüne iadesi oybirliği ile kabul edilmiştir." Bakanlığın planlarına itiraz edilmesi gerekirken dosya İstanbul Büyükşehir Belediye Meclisi ve Planlama Müdürlüğü arasında gidip geldi. Bu arada Koruma Kurulu'nun verdiği izinlerle, tarihi alanın tahribi başladı.