Rapor, Ergenekon'un yöneticilerinden olduğu iddiasıyla yargılanan Kemal Alemdaroğlu'nun İstanbul Üniversitesi rektörlüğü görevinden alınmasından sonra yerine atanan Mesut Parlak dönemini mercek altına alıyor. 1. Ordu Komutanlığı'nda görevli Tümgeneral Uğur Uzal imzalı ve 25 Haziran 2005 tarihli raporda, Parlak'ın da içinde bulunduğu çok sayıda akademisyen 'Kürt kökenli, PKK sempatizanı, bölücü, ayrılıkçı, eski sol militanı' şeklinde fişleniyor. Üniversite yönetiminin akademisyen, memur ve yönetici atamaları, açtığı soruşturmalar, girdiği ihaleler ile mezuniyet törenlerinin en ince ayrıntısına kadar not edildiği görülüyor. Bilgilerin, askerî istihbarat birimleri, eski Adlî Tıp Kurumu Başkanı Keramettin Kurt, S.C., S.A., M.K.B., K.A., N.S. ve pek çok öğretim üyesi ile karşılıklı görüşme sonucu elde edildiği bildiriliyor. İstanbul Üniversitesi Adlî Tıp Enstitüsü'nün 18 yıl müdürlüğünü yapan Prof. Dr. Sevil Atasoy ise Ergenekon davası müdahillerinden Prof. Dr. Şebnem Korur Fincancı'nın da aralarında bulunduğu adli tıp uzmanlarına yönelik fişleme raporunu 1. Ordu Komutanlığı'na gönderdiği ifade ediliyor. Kara Kuvvetleri'ne iletilen bu bilgiler, ana rapora '11 Temmuz 2005 tarihli ek rapor' olarak ilave edilmiş. Ergenekon dosyasına giren ek klasörlerde ortaya çıkan rapor Ergenekon davası sanığı Kemal Alemdaroğlu'nun görevinden alınıp yerine Prof. Dr. Mesut Parlak'ın atanmasından sonra İstanbul Üniversitesi'nin baştan sona fişlendiğini gözler önüne seriyor. İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'nın talebi üzerine 6 Ağustos 2008'de gönderilen 'Askeri İstihbarat Birimlerine: İstanbul Üniversitesi'nde Türk Silahlı Kuvvetleri'ne saldırmayı hedefleyen ve Türkiye'nin bölünmez bütünlüğünü yıkmaya yönelik PKK yanlısı ve Kürtçü ayrılıkçı faaliyetler hakkındaki ön rapor' başlıklı belge 47 sayfadan oluşuyor. Kara Kuvvetleri Komutanlığı'nca gönderilen 'Çok gizlidir' ibareli raporda, Kemal Alemdaroğlu'nun görevden alınması ile birlikte ortaya çıkan süreçte İÜ'de Kürtçü yapılanmaya gidildiği iddia ediliyor. Aralarında Ergenekon davasının müdahili olan Şebnem Korur Fincancı'nın bulunduğu onlarca akademisyen fişleniyor. Raporda, Mesut Parlak başta olmak üzeri birçok akademisyenle ilgili 'Kürt kökenli, Malatyalı, PKK sempatizanı, eski illegal sol örgüt militanı' gibi ifadeler yer alıyor. PARLAK, MAFYANIN TEMEL DİREĞİ Raporda, Mesut Parlak'ın mafyanın üniversitedeki temel direği olduğu, ünlü araştırmacı yazar A.A.'ya göre Adli Tıp Enstitüsü'nce en önemli işkence raporunun Abdullah Öcalan'a verileceği iddia ediliyor. Parlak'ın türban sebebiyle mezuniyetlerin düğün salonlarında yapılmasına izin verdiği, ileride türban ve kara çarşafın İÜ'de serbest olacağının Parlak tarafından alınan duyum olduğu kaydediliyor. Parlak'ın Kürtçü bağlantıları, ailesinin soyağacı ele alınarak incelenmesi gerektiğinin altı çiziliyor. Mesut Parlak'ın yönetime getirdiği kişiler de sayılarak, "Kürt kökenli ve PKK sempatizanı Tahsin Yeşildere veterinerlik fakültesinde etkin bir pozisyona getirildi." deniliyor. Raporda üniversitede ihalelere ilişkin bütün eski kriterlerin kaldırıldığı, en düşük fiyat uygulamasına geçildiği aktarılıyor. Sosyal tesislerde 2004 Eylül'den beri ihale yapılmadığı, geçen dönemde kriterlere uyum sorunu olanların geri döndüğü bildiriliyor. Kampüste türbanlıların görülmeye başladığı aktarılıyor. Prof. Dr. Sevil Atasoy, 1987'den beri sürdüğü İÜ Adli Tıp Enstitüsü müdürlüğü görevini 26 Mayıs 2005'te bıraktı. Atasoy'un, sadece akademisyenleri fişlemekle kalmadığı, ayrıca 1. Ordu Komutanlığı'na da rapor sunduğu ortaya çıktı. Buna göre, 1. Ordu'ya sunduğu ve 11 Temmuz 2005'te Kara Kuvvetlerine gönderilen raporda, "İşkencenin Önlenmesinde Bağımsız Bilirkişilik" isimli projede imzası olan akademisyenlerden Şebnem Korur Fincancı ve Sermet Koç'un uzun zamandır Türkiye aleyhtarı radikal sol ve bölücü faaliyetlerde bulundukları ve daha pek çok iddia ileri sürülüyor.