Çekilme sürecinde TSK ile PKK’yı ilk kez karşı karşıya getiren 3 Haziran’daki Karaçalı Üs Bölgesi çatışmasının perde arkası ortaya çıktı. Vatan'da yer alan habere göre bahar tertiplenmesi için üs bölgesine giden askerler karşılarında PKK’lıları bulunca çatışma yaşandı.
Türkiye-Irak Hududu üzerinde ve Şırnak-Uludere-Gülyazı bölgesinde bulunan Karaçalı Üs Bölgesi, kışın TSK tarafından boşaltıldı. TSK, bahar tertiplenmesi kapsamında Karaçalı Üs Bölgesi’ne 3 Haziran’da asker sevkiyatı yaptı. Ancak üs bölgesinin, PKK’lılar tarafından işgal edildiği ortaya çıktı. Askeri sevkiyatı gören PKK’lılar, askerlere taciz ateşi açtı. Açılan ateş sonucu yerden seken taşlardan bir Jandarma Uzman Çavuş hafif şekilde yaralandı. Yoğun çatışma yaşandığı, üs bölgesindeki PKK’lılara destek amacıyla Irak tarafından da ateş açıldığı öğrenildi.
Olayın ardından TSK, ateş edilen bölgede meşru müdafaa kapsamında bir Kobra (AH-1) Taarruz Helikopter kolu ile ateşle keşif faaliyeti icra etti. Ancak edinilen bilgilere göre bölgenin 1. derece askeri bölge olması ve meşru müdafaa olması nedeniyle TSK önce validen operasyon izni almadı. Önce operasyon yapıldı ardından da Şırnak Valiliği olayla ilgili bilgilendirildi. Kobra Helikopterinin ateşle keşif faaliyeti sonrasında ise PKK’lıların kayıp verip vermedikleri ise henüz netlik kazanmadı. Çatışmaların ardından üs bölgesi TSK’nın kontrolüne geçti.