Tuzlu ve sodalı suyuyla 3900 hektarlık alana sahip göl, nüfusu 500 bini geçen şehrin merkezindeki sanayi kuruluşlarının, 6 ilçe ile 2 belde ve 100'e yakın köyün kanalizasyon atıklarıyla kirletiliyor. Göl çevresinde Erciş Şeker Fabrikası, Van Çimento Fabrikası, yem ve un fabrikaları, Van Organize Sanayi Bölgesi, Sümerbank Kundura Fabrikası gibi önemli endüstri kuruluşları ile çok sayıda hayvansal ürün işleme atölyeleri bulunuyor. Sadece Şeker Fabrikası'nın arıtma tesisi olduğunu belirten Yüzüncü Yıl Üniversitesi Ziraat Fakültesi Su Ürünleri Bölümü Öğretim Üyesi ve Doğa Gözcüleri Derneği Başkanı Doç. Dr. Mustafa Sarı şunları söylüyor: Arıtma tesisi yok "Van Organize Sanayi Bölgesi'nde şimdilik faaliyet gösteren 30'dan fazla fabrikanın hiçbirisinde arıtma ünitesi bulunmuyor. Faaliyet gösteren tüm fabrikaların atıkları hemen bölge içinden geçen Morali Deresi'ne bırakılmakta ve 1 km sonra Van Gölü'ne karışmaktadır. Her ekolojik ortamın bir taşıma kapasitesi olduğu gibi, Van Gölü'nün de bir özümleme kapasitesi vardır. Ne yazık ki en az 15 yıldır gelen kirlilik yükü Van Gölü'nün özümseme kapasitesinin üzerinde. 'Ekosistem değişir' Gölde balıkçılık ve turizm amaçlı olarak kullanılan 200 civarındaki teknenin hiçbirinde atık su tankı bulunmuyor. Her türlü atıklarını doğrudan göle bırakıyorlar." Gölün yerleşim yerlerine yakın kıyılarında, dışkı bulunması anlamına gelen kolibasili tespit edildiğini belirten Sarı, şöyle devam etti: "Eğer bu mikroorganizmayla aşırı miktarda bulaşmış bir su ortamıyla temas edilirse hastalık bulaşma riski artmış olacaktır. Koli basili oranındaki artış gölde yüzen insanların sağlığını tehdit ediyor ve gölde yaşayan tek canlı olan inci kefalinin de yaşam alanını kısıtlıyor. Van Gölü küçük bir ekosistem değil dinamik bir ekosistem. Bu kirlilik devam ederse dışarıdan göle karışan azot, fosfor gibi besin yükleri artarak oksijen miktarına etki edecek. Tedbir alıp arıtma tesisleri kurmazsak ekosistem önümüzdeki yıllarda değişecektir."