Ardından da doktora çalışması için babasının ve kocasının görev yaptığı ODTÜ'ye görevlendirildi. ÖSS'yi kazanamadığı halde oğlunu Yıldız Teknik Üniversitesi'ne yerleştiren Muğla Üniversitesi Rektörü Şener Oktik'in eski YÖK Başkan Vekili Aybar Ertepınar'ın kızına da 'kıyak' bir atama yaptığı ortaya çıktı. Ertepınar'ın kızı Pınar Ertepınar Kaymakçı'yı mülakatla araştırma görevlisi yapan Oktik'in, doktora için babası ve kocasının görev yaptığı ODTÜ'ye görevlendirdiği belirlendi. Aynı mülakatta öğretim görevlisi yapılan Nesrin Tüfekçi ise Hollanda'da bir üniversiteye gönderildi. Cumhurbaşkanı Abdullah Gül'ün YÖK başkanlığına Prof. Dr. Yusuf Ziya Özcan'ı atamasına tepki amacıyla YÖK başkan vekilliğinden istifa eden Prof. Dr. Aybar Ertepınar'ın kızı Pınar Ertepınar Kaymakçı, Şener Oktik'in 'kıyak' atamasıyla ODTÜ'de doktora yapmaya başladı. Muğla Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Jeoloji Bölümü'ne 18 Kasım 2005'te araştırma görevlisi olarak alınan Kaymakçı, bu üniversitede hiç çalışmadan Ortadoğu Teknik Üniversitesi'ndeki jeoloji bölümüne doktora yapması için görevlendirildi. Muğla Üniversitesi'nden maaşını alan Kaymakçı, 2 yıldır Muğla Üniversitesi'ne hiç uğramadı. Gazetelerde gördüğü ilan üzerine Muğla Üniversitesi'ne araştırma görevlisi olmak üzere başvurduğunu belirten Pınar Ertepınar Kaymakçı, mülakatı kazanıp göreve başladığını savundu. Doktorasını tamamladıktan sonra Muğla'da çalışmayı arzuladığını ifade eden Kaymakçı, şunları söyledi: "Sınava 3 kişi başvurdu. 2 kişi alınacaktı. Mülakata dekanla birlikte 2 profesör katıldı. Benim dil puanım diğerlerinden yüksekti, bu yüzden başarılı oldum." Ertepınar 'Neden kocasının çalıştığı bölüme doktora için görevlendirildiği' sorusuna ise şu cevabı verdi: "Üniversite yeni açılan bölüme öğretim elemanı yetiştirmek için bizi aldı. Doktora programı olmadığı için üniversite en iyi üniversitelerde öğretim üyesi yetiştirmek ve açığını kapatmak istiyordu." Torpil iddialarını reddeden Kaymakçı, devletin üst kademelerinde görev yapan insanlar için bu tür karalamaların hep olduğunu ileri sürdü. Muğla Üniversitesi Rektör Vekili Prof. Dr. İbrahim Yokaş ise Jeoloji Mühendisliği'nin yüksek lisans ve doktora programı henüz faaliyete geçmediğinden Kaymakçı'nın lisansüstü eğitim için YÖK Kanunu'na uygun olarak ODTÜ'de görevlendirildiğini ifade etti. Yokaş, işlemin kanunlara uygun olduğunu savundu. Kemal Gürüz zamanında başkan vekili oldu Dönemin YÖK Başkanı Prof. Dr. Kemal Gürüz tarafından başkan vekilliğine getirilen ODTÜ İnşaat Bölümü Öğretim Üyesi Prof. Dr. Aybar Ertepınar, görev süresi bitince ikinci kez eski Cumhurbaşkanı Ahmet Sezer tarafından YÖK üyesi yapılmıştı. Ertepınar, YÖK Başkanı Yusuf Ziya Özcan'ın atanmasına tepki için istifa etmişti.