Malatya Özel Yetkili Cumhuriyet Başsavcılığı, İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'na bir yazı göndererek Yazıcıoğlu'nun Ergenekon davasında gizli tanık olup olmadığını sordu. İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'ndan gelen cevabi yazıda Muhsin Yazıcıoğlu'nun Ergenekon davası kapsamında gizli tanıklık yapmadığı vurgulandı. Fakat Yazıcıoğlu'na yakın çevreler, merhum BBP liderinin gizli tanık olmamasına rağmen soruşturmayla ilgili bazı kritik bilgileri devletin üst düzey yetkilileriyle paylaştığını ifade ediyor. Medyada Yazıcıoğlu'nun Ergenekon soruşturması kapsamında gizli tanıklık yaptığı, birçok defa soruşturmayı yürüten savcılarla görüşüp ifade verip belge sunduğu ileri sürülmüştü.